Protopov は、1907年に中央集権主義のオクトブリスト党員として、第3・4ドゥーマの両代表に選出された。 1912年、プロトポポフはカルサンスキー・ウイェズドの貴族元帥に選出された。 1913年11月または1914年5月、ミハイル・ロジアンコの下で帝国議会の副議長に就任し、1914年から1916年まで副議長として活躍した。 プロトポフは、銀行から資金援助を受けて新聞『ルースカヤ・ヴォーリャ』（『ロシアの意志』）を創刊し、ニコライ・グレデスクルやアレクサンドル・アムフィテアトロフを記者として起用した。 プロトポポフは1915年末から丸6ヶ月間、ペーテル・バドマエフの診療所に入院していたとヨーゼフ・T・フールマンは述べている。 1916年春、ロジアンコの要請により、プロトポフはパーヴェル・ミリュコフとともに、第一次世界大戦におけるロシアの西側同盟国であるアンタイト諸国との関係を強化するためのドゥーマ議員団を率いて、ドイツの実業家・政治家フーゴ・シュティンネス、銀行家フリッツ・M・ヴァールブルグ、スウェーデン外務大臣クヌート・ウォレンバーグと会見した。 フランスやイギリスから帰国したプロトポポフは、親英派のロシア自由主義者たちから激しい敵意を向けられ、ワールブルグが会談を始めたと自己防衛のために主張した。 プロトポポフが、ロシアとドイツの和平やスワップについて秘密裏に接触していたことはスキャンダルとなり、『ニューヨーク・タイムズ』紙によれば、ロシアとドイツの政府間の和解の兆しを示すものであった。 プロトポポフは、ドイツの外交官ヘルムート・ルシアス・フォン・シュトッテンとの接触が広く疑われていた。 1925年、ナチスのジャーナリスト、テオドール・フリッチは、ウォーバーグは帝政ドイツを破滅させ、共産主義を推進し、ヨーロッパの歴史全体を変えたと主張し、この話を書き直した。)
内務大臣 編集
Alexander Protopopov and two aides, September 1916
1916/07/20, Protopopovは正式に皇帝Nicholas IIに会い、「私がとても好きな人」と評された。 アレクサンドル・ケレンスキーは彼を「ハンサム、エレガント、魅惑的……適度にリベラルでいつも感じがいい」と評していた。 アレクサンドラ皇后は何度も夫に、プロトポフを内務大臣に任命するよう要請した。下院副議長を重要ポストに就ければ、下院と王政の関係が改善されるかもしれないからである。 ニコライは、プロトポポフの魅力には感心したものの、不安定で食糧不足の時代に、警察や食糧供給の責任を負う役職にふさわしいかどうか、当初は疑問を持っていた。 プロトポポフには官僚としての経験がなく、警察のこともほとんど知らなかった。 しかし、皇帝は1916年9月16日から20日の間に、彼を内務省の課長に任命することを承認した。 リチャード・パイプスによれば、プロトポポフは国を運営するための白紙委任状を受け取ったのである。 それまではかなりリベラルな人物と考えられていたプロトポポフだが、自分の新しい役割はツァーリの独裁を維持することだと考えた。 皇帝がスタフカ本部に不在のため、ロシア政府は、皇后、グリゴリ・ラスプーチン、プロトポポフの3人と、アンナ・ヴィルボーヴァの補助的な支援によって、一種の個人的な問題として運営されているように見えた。 プロトポポフは、前任者ボリス・シュテュルメルの反動的な政策を、皇后の支援を受けながら続けていた。
ロジアンコとベルナルド・パレスによれば、この時点でプロトポポフは精神的に不安定になっており、演説も支離滅裂なものになっていた。 「紙上での計画にもかかわらず、彼は自分が解決するためにそこにいた重大で重要な問題の解決のための有効な提案を持っていなかったようだ」。 10月、プロトポポフは、ペトログラードの銀行家グループにロシアのパンをすべて買い取らせ、国中に配給させることを提案した。 プロトポポフは、大逆罪と職権乱用の疑いで逮捕された元陸軍大臣ウラジーミル・スホムリノフの釈放を命じ、第一次世界大戦でロシアが早期に何度も敗北した責任を訴えた。プロトポポフが、今は廃人となったスホムリノフのアパートを訪問したことがロシア国民に知られると、下院で激しく批判され政府の信用を失墜させることになった。 プロトポポフは、ゼムゴルや軍需産業委員会をはじめとする公的組織を弾圧し、自分が最もよく知る財界の支持を取り戻そうと考えていた。 11月、プロトポフはドゥーマの解散を求めた。
新首相アレクサンドル・トレポフは、プロトポフに内務省の職を譲り、商務省を引き継いでほしいと伝えたが、プロトポフは拒否した。 1916年11月、トレポフはプロトポフの解任を、評議会議長職を引き受けるための不可欠の条件とした。 トレポフを嫌う皇后は、プロトポフを内務省の有力な地位に引き留めようとした。 1916年11月14日（O.S.）、トレポフはスタフカを訪れ、第一次世界大戦によって拡大する危機について皇帝と会談したが、翌日には辞任すると脅している。 11月17日、ニコライ・ポクロフスキーが外相に任命されたが、プロトポポフとの意見の相違から4度も辞職を表明した。 ポクロフスキーは、アメリカの金融資本をロシア経済に誘致することに賛成していた。 12月7日、内閣はプロトポポフに皇帝のもとへ行き辞任するよう要求したが、ツァーリナの要請で代わりに大臣に任命された。 1916年12月、プロトポポフは、ゼムストボが警察官を同席させずに会議をすることを禁止した。 「プロトポポフは、この組織が革命的なサラリーマンによって支配されており、一般的に反対派の活動家が食糧供給問題での役割を要求するのは、実用的な目的ではなく、政治的な目的のためであると感じていた」。
プロトポポフはロシア皇室に近いヤブ医者、ペーテル・バドマエフに頻繁に治療を受けていた。