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AutoDockとは
AutoDockは自動ドッキングツール群であり、その中の1つです。 基質や薬剤候補などの小分子が、既知の3次元構造の受容体にどのように結合するかを予測するために設計されています。 AutoDock 4とAutoDock Vinaです。
AutoDock 4は主に2つのプログラムで構成されており、autodockはリガンドをターゲットタンパク質を記述するグリッドのセットにドッキングさせ、autogridはこれらのグリッドを事前計算します。 これは、例えば有機合成化学者がより良い結合剤を設計するのに役立ちます。
AutoDock Vina は、原子のタイプを選択し、それに対するグリッドマップを事前に計算する必要はありません。
また、AutoDockTools (略称ADT) というグラフィカルユーザーインターフェースを開発し、リガンドで回転可能として扱う結合を設定し、ドッキングを分析するのに役立てました。
AutoDock は、
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AutoDock 4はGNU General Public Licenseに基づき無償で提供されています。 AutoDock Vinaは、Apacheライセンスのもと、商用および非商用での使用と再配布を許可しています。 ダウンロード」タブをクリックしてください。 そしてハッピードッキング！
AutoDock Vinaとは？
AutoDock Vinaは、Molecular Graphics Lab.による新世代のドッキングソフトウェアです。 AutoDock 4とAutoDock Vinaではスコアリング関数が異なり、不正確なため、どのような問題でも、どちらのプログラムがより良い結果を提供できる可能性があります。
What’s new?
June 1, 2009
AutoDock 4.2 は以前のバージョンよりも高速になり、高分子中の側鎖を柔軟にすることができるようになりました。 従来通り、リジッドドッキングは目を見張るほど速く、高品質のフレキシブルドッキングは1分程度で行えます。 4369>
AutoDock 4.2 には、線形回帰分析、AMBER 力場、および既知の阻害定数を持つ多様なタンパク質-リガンド複合体の、AutoDock 3.0 で用いたものよりさらに多くのセットに基づいて、自由エネルギースコアリング関数が追加されました。 最適なモデルをHIV-1プロテアーゼ複合体の別セットでクロスバリデーションした結果、標準誤差が約2.5 kcal/molであることが確認されました。 これは、ミリ、マイクロ、ナノモルの阻害定数を持つリード化合物を識別するのに十分な値です。
AutoDock4.2の新機能とその使用方法については、AutoDock4.0を参照してください。4369>
AutoDock 4 is Free Software
May 7, 2007
AutoDock4の導入は、3つの大きな改善から成ります：
- ドッキング結果はより正確で信頼性が高くなりました。
- ターゲット高分子における柔軟性をオプションでモデル化できます。
AutoDock4.0は以前のバージョンより高速化されただけでなく、高分子中の側鎖を柔軟にすることができます。 従来どおり、リジッド ドッキングは目を見張るほど高速で、高品質のフレキシブル ドッキングは約 1 分で完了します。 4369>
AutoDock 4.0 には、線形回帰分析、AMBER 力場、および既知の阻害定数を持つ多様なタンパク質-リガンド複合体の、AutoDock 3.0 で用いたものよりさらに多くのセットに基づく、自由エネルギースコアリング関数が追加されました。 最適なモデルをHIV-1プロテアーゼ複合体の別セットでクロスバリデーションした結果、標準誤差は約2.5 kcal/molであることが確認されました。 4369>
AutoDock 4.0は、Sandia National LabsのWilliam E. Hartが開発した最適化ライブラリACROから、新しい検索方法を利用するためにコンパイルすることができます。 また、既存の進化的手法にも新しい機能が追加されています。 2.4以前のモンテカルロシミュレーテッドアニーリング(SA)法も引き続き提供しています。 Lamarckian Genetic Algorithm (LGA) は Genetic Algorithm を大きく改善し、どちらの遺伝的手法も SA よりもはるかに効率的で堅牢です。
Mailing List and Forum
AutoDock ユーザー向けにメーリングリストとフォーラムを開設しています。 ここでは、AutoDockリスト(ADL)の詳細について説明します。 フォーラムの URL は http://mgl.scripps.edu/forum.
AutoDockTools (ADT) とは？
AutoDock および AutoGrid 用のグラフィカル フロントエンド、ADT (AutoDockTools) を開発、改良を続けています。 これは、Linux、Mac OS X、SGI IRIX、およびMicrosoft Windowsで動作します。 また、新しいチュートリアルや付属のサンプルファイルも用意しています。
AutoDockはどこで使われているか
AutoDockは現在、世界中で29000以上のユーザーに配付されています。 学術機関、政府機関、非営利団体、および商業的な環境で使用されています。 2011年1月、ISI Citation Indexを検索したところ、2700以上の出版物がAutoDockの主要なメソッド論文を引用していることが分かりました。 GPLライセンスのソフトウェアを他のコードに組み込んで再配布することには制限があるため、AutoDockを別のライセンス契約に基づいて使用したい企業もあるかもしれませんが、その場合は弊社が手配いたします。 詳細については、Arthur J. Olson教授（電話：+1 (858) 784-2526）までお問い合わせください。
なぜAutoDockを使うのか
AutoDockは広く使われており、文献にもその成功例が多数あります（参考文献を参照ください）。 AutoDock は非常に高速で、 リガンドのコンフォメーションを高品質で予測し、 予測された阻害定数と実験値の間に良い相関が得られます。 また、AutoDockは、結合部位の位置が不明なブラインドドッキングにも有効であることが示されています。 さらに、AutoDockはフリーソフトウェアで、バージョン4はGNU General Public Licenseの下で配布されており、入手も簡単です。
AutoDock研究プロジェクトをWorld Community Gridで実行する！
あなたの研究はAutoDockで行われていますか？ もしそうなら、あなたの研究を加速するために、World Community Grid の無料の計算能力を利用する資格があるかもしれません。 AutoDockはすでにWorld Community Gridの技術チームによって「グリッド対応」されており、以下のプロジェクトでWorld Community Grid上で実行されています：
- The Scripps Research InstituteのFightAIDS@Homeプロジェクトです。
- Discover Dengue Drugs – Together プロジェクト（The University of Texas Medical Branch）。
- Help Fight Childhood Cancer
- Influenza Antiviral Drug Search
- GO Fight Against Malaria
World Community Gridの研究プロジェクト基準をご確認いただき、プロジェクト提案やご質問などがあれば、World Community Gridへご連絡下さい。