AAA+ ATPasesはPループNTPaseドメインを含む酵素で、分子シャペロン、プロテアーゼのATPase subunit、ヘリカー、核酸刺激ATPasesとして機能する。 AAA+タンパク質ドメインの配列と構造を比較し、これらのドメインの決定的な配列と構造の特徴を明らかにし、その進化における主要な出来事を推測することを目的としている。 標準的な系統学的手法、共通の配列・構造シグネチャーの分析、類似性に基づくクラスタリングを用いて、AAA+クラスの進化的分類を開発した。 その結果、AAA+ATPaseクラスには26の主要なファミリーが存在することが判明した。 また、RecA/F1、ヘリカーゼスーパーファミリーI/II、PilT、ABCクラスのPループNTPaseに対するAAA+ ATPaseの位置づけを記述した。 AAA+クラスは、クランプローダー、DnaA/Orc/Cdc6、クラシックAAA、「プレセンサー1βヘアピン」（PS1BH）クレードに早期に分化したようである。 PS1BHクレードでは、キラターゼ、MoxR、YifB、McrB、ダイニン-ミダシン、NtrC、MCMが、保存されたATPaseコアのヘリックス-2に異なる挿入部があり、コアATPaseドメインとC末端のα-ヘリカルバンドル間に追加のヘリックスセグメントがあることで定義される単系統を形成している。 少なくとも6種類のAAA+タンパク質は、現存する細胞生物の最後の普遍的共通祖先(LUCA)にまで遡ることが可能であり、異なる主要なクレードを代表している。 さらに、PS1BHに属するスーパーファミリーIIIヘリカーゼは、この段階ではおそらくウイルス様の「利己的」レプリコンに存在していた。 次の主要な放射線は、バクテリアと古細菌の2つの原核生物界の基盤で、いくつかの異なるシャペロン、プロテアーゼのATPaseサブユニット、DNAヘリカー、および転写因子が生まれた。 真核生物の進化の初期に起こった第3の放射線は、核や細胞骨格の機能に関連するいくつかの真核生物特有の適応の起源に寄与した。 今回報告された新しい関係やこれまで発見されていなかったドメインは、AAA+ATPaseの生物学を研究する上で新しい手がかりとなるかもしれない。