26S/28SリボソームRNA（rRNA）遺伝子の「拡張セグメント」のセットは、原核生物23S rRNA遺伝子と真核生物26S/28S rRNA遺伝子間の距離差の大部分を担っています。 また、この拡張セグメントは、真核生物の進化における長さの種間変動の原因ともなっている。 それらは、どの種においても塩基組成に一貫した偏りがあり、例えば、ショウジョウバエではATに富み、脊椎動物ではGCに富んでいる。 拡張セグメントのセットをドットマトリックスで比較すると、ある種の28S rRNA遺伝子内のセットのメンバー間で高い類似性があることがわかる。一方、遠縁の種の拡張セグメントのセット間では、類似性はほとんどないか偽の類似性が存在する。 28S rRNA遺伝子内の拡張セグメントのセットメンバー間の類似性は、その塩基組成の偏りだけでは説明できない。 一方、28S rRNA遺伝子の「コア」セグメント（拡張セグメントの間の領域）には大きな類似性は見られないが、コアセグメントは種間で保存されている。 26S/28S遺伝子の拡張セグメントのセットは、それぞれの種でユニットとして共進化しており、同時に28S rRNA遺伝子ファミリーは全体として均質化を続けているため、ある種のすべてのリボソームDNA（rDNA）アレイの拡張セグメントのセットは配列的に類似したものとなっている。 26S/28S rRNA遺伝子のDNA単純化解析では、有意に高い相対単純化係数（RSF）と拡張セグメントのセット間の配列類似性の間に直接的な相関があることが示された。 また、RSF値とrDNA全体の長さ、および個々の拡張セグメントの長さとの間にも同様の相関があることがわかった。 このような相関関係から、長さの変動の多くは、単純な配列モチーフの獲得と喪失が、滑り止めのようなメカニズムで反映されていることが示唆された。 我々は、rDNA配列の種間差の蓄積の原因であるスリップ状および不均等クロスオーバーのターンオーバー機構を背景に行われる、拡張セグメントの分子共進化について議論した。