MS/MSまたはMS2としても知られるタンデム質量分析は、質量分析選択の複数の段階があり、その間に何らかのフラグメンテーションが行われます。 質量分析は、未知化合物の同定、既知化合物の定量、分子構造の解明などに用いられる強力な化学分析技術です。 その動作原理を理解するために、質量分析計は、質量電荷比（m/z）によって分離された対応する気相イオンの生成と検出によって、分子全体、分子断片、原子の分子量と原子量を測定する「分子の粉砕機」であることが立証されている。 親分子の分子構造や原子組成に対応した質量を測定するため、分子構造の決定や解明が可能になります。
さて、なぜ質量分析なのかという適切な疑問が浮かんできますね。 また、分子種の定量にも使用されることがあります。 質量分析は非常に感度の高い技術であり、微量（10-12 g、10-15 mol）の試料で動作し、混合物中の成分を同定するためのクロマトグラフィー分離法と容易に連動させることができる。 また、質量分析計は、化学者、生物学者、医師、天文学者、環境保健の専門家など、幅広い専門家に貴重な情報を提供している。 質量と電荷の比（m/z）が異なるイオンを分離し、スペクトルを生成することによって機能します。 多くの場合(低分子など)、z = 1となり、m/z = フラグメントの質量となる。 しかし、電気泳動（ESI）で分析される大きな生体分子では、z > 1 .
タンデム質量分析計には様々なタイプがあり、それぞれ異なった利点、欠点、アプリケーションを持っています。 いずれも、入口-イオン化源-分析器-検出器の4つの主要な部分が連結して構成されている。 すべてのセクションは通常高真空に保たれ、装置制御、試料採取、データ処理などの機能はコンピュータ制御で行われます。 データシステムとコンピュータ制御は見落とされがちですが、質量分析における最も重要な進歩であり、24時間365日の自動化と現代の強力な分析技術の発展を可能にしました。 最もシンプルな形態は、2台の質量分析計(MS/MS)をコリジョンセルと呼ばれるチャンバーで直列に接続したものです。 検査されるサンプルは、基本的に最初の質量分析計で選別および計量され、次に衝突セルで断片化され、その断片が2番目の質量分析計で選別され計量されます。 タンデム質量分析計は、2つ以上の四重極で構成され、各四重極を分離する衝突セルがある。 クロマトグラフィーで分離された試料は、まず、特定のイオン（プリカーサーイオン）のみを割り当てた混合イオンを分離する最初の四重極を通過し、コリジョンセルに渡されます。 第一四重極は、ユーザーが指定した特定の成分の試料イオンを選択するために使用されます。通常、衝突セル内の分子関連イオンは、「親イオン」とも呼ばれ、不活性ガス（Xe、Arなど）を衝突させて、さらに異なる電荷と質量のイオン（プロダクトイオン）に分解されます。 このプロダクトイオンは「娘イオン」とも呼ばれ、さらに特定のイオン断片をモニターするために設定された四重極に通され、イオンを分離します。 このプロセスを数回繰り返すことで、特異性の高い測定値を得ることができます。 タンデム質量分析計にはいくつかのアプリケーションがあります。 臨床検査や毒物検査、先天性代謝異常、新生児スクリーニング、癌、糖尿病、様々な毒物、乱用薬物など。 バイオテクノロジーと製薬：薬物および薬物代謝物の化学構造の決定、生体液および組織中の不純物、薬物およびその代謝物の検出/定量化。 薬物スクリーニング、液体混合物の分析、フィンガープリンティング、栄養補助食品/生薬、天然物や薬物の出所追跡、その他多数 タンパク質の配列決定と同定 データベース検索によるタンパク質同定（SPCとスペクトルアライメント）、de novoペプチド配列決定（スペクトルグラフ）、ハイブリッド、翻訳後修飾（PTM）ペプチドの同定定量プロテオミクス、豊富度の異なるタンパク質の同定、その他プロテオミクスで重要な役割を担っている
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