Classification of Fungi
菌類は古典的にはコロニーの外観（色、サイズなど）、菌糸組織（隔壁性か連珠性か）、再生胞子の構造と組織で特徴づけられ分類されてきました。 しかし、最近では、リボソームRNAの塩基配列によって、さらに分類が進んでいる。 いくつかの属をそれぞれの門に分類することについては、文献上多くの異論が存在する。 以下の分類は、主にPrescottら, Microbiologyに基づくものである。 菌糸の種類についてはhttp://bugs.bio.usyd.edu.au/learning/resources/Mycology/contents.shtmlとhttp://bugs.bio.usyd.edu.au/learning/resources/Mycology/StructureFunction/introduction.shtmlからいくつかの有用な情報を得た。 我々は6つの菌類部門を見ることにする。 なお，あと2つ（UrediniomycetesとUstilaginomycetes）は担子菌類に分類されることが多いので，ここでは独立した部門としてリストアップしないことにした。
表1:
| グループ | 一般名 | 菌糸組織 | 繁殖の特徴例 | |
|---|---|---|---|---|
| Chytridiomycota | Chytrids | Asexual.Asex.Asex.Asex.Asex.Base。 運動性動物胞子 性的: sporangiospores | Allomyces | |
| Zygomycota | Bread molds | coenocytic hyphae | Asexual: sporangiospore Sexual: 接合胞子 | Rhizopus stolonifer |
| Ascomycota | Sac fungi | septate hyphae | Asexual: conidiospore Sexual: ascospores | Saccharomyces cerevisiae Aspergillus Penicillium |
| Basidiomycota | septate hyphae | Asexual: often absent Sexual: 担子胞子 | キノコ | |
| 糸状菌 | 共菌糸 | 胞子や断片による無性生殖のみが知られている。 | Acaulospora | |
| Microsporidia | しばしばまだ原生生物と呼ばれる | N/A | Asexual or sexual (complex life cycle) | Entero-…cystozoon |
Chytridiomycota (ツボカビ類)。
真菌の中で最も単純なツボカビは微小で淡水、泥、土、時にはルーメンにも生息しています。
Zygomycota (パン種):
接合菌の仲間は、共細胞性菌糸を持つ。 無性生殖は胞子嚢から放出される胞子胞子によって行われ、気流によって運ばれることがある。 胞子は適当な基質に到達すると発芽し、新しい菌糸を作る。 パンカビは通常、人間の病気を引き起こすことはない。 実際、一部の国では食品製造に利用されている。 しかし、リゾプスは日和見病原体であり、特に糖尿病のコントロールが十分でない人には危険である
Ascomycota (sac fungi)。
子嚢菌門のメンバーには、分離した菌糸を持つカビと、いくつかの酵母が含まれる。 子嚢菌類は、子嚢胞子と呼ばれる有性胞子を嚢またはホヤの中で生産するため、子嚢菌と呼ばれる。 無性生殖は分生胞子によって行われる。 子嚢菌類には、栗枯れ病やオランダニレ病などの原因菌が含まれる。 また、Claviceps purpureaはライグラスに寄生し、エルゴットを発生させる。
担子菌類：
担子菌類も分裂菌糸を持つ。 担子胞子と呼ばれる性胞子は、担子菌と呼ばれる棍棒状の構造物から作られます。 キノコの場合、エラや傘の裏側の孔に沿って、担子菌が存在する。 キノコの中には、人間に致命的な毒素を出すものがある。
糸状菌（菌根菌）
多くは菌根菌で、植物の根と相互依存的な共生をする。
ミクロスポリジウム
魚類、ヒト、昆虫の細胞内寄生虫
に寄生する。