Over 3D-NuS
3D-NuS (3-Dimensional Nucleic Acid Structures) is een webserver voor het modelleren en visualiseren van 3-dimensionale structuren van rechtshandige i) intra/intermoleculaire DNA/RNA duplexen met niet-canonieke basenparen samen met hun chimere vormen & ii) RNA-DNA hybride duplexen, iii) linkshandige Z-DNA/Z-RNA duplexen, iv) triplexen en vi) intra/intermoleculaire G-quadruplexen op een geautomatiseerde manier. Het genereert ook een ensemble van conformaties die overeenkomen met de gemodelleerde structuur.
3D-NuS bouwt op geautomatiseerde wijze DNA en RNA duplexen met alle mogelijke combinaties van mismatches samen met canonieke basenparen. 3D-NuS geeft de mogelijkheid voor het construeren van verschillende vormen van triplexen en quadruplexen voor verschillende type RNA/DNA strengcombinaties samen met verschillende strengoriëntaties. Op dit moment kan 3D-NuS energie geminimaliseerde modellen genereren van 80 verschillende soorten triplexen, 58 soorten intra/intermoleculaire quadruplexen, Z DNA/RNA en DNA/RNA chimera modellen samen met een verscheidenheid van mismatch bevattende DNA of RNA duplexen en RNA-DNA hybride duplexen voor elke door de gebruiker gedefinieerde sequentie en lengte. Een en ander wordt nader toegelicht in de documentatie en op de bijbehorende pagina over moleculaire modellering.
