Chromosome conformation capture (3C) methoden meten DNA contactfrequenties op basis van nucleaire proximity ligatie, om in vivo genomische vouwpatronen bloot te leggen. 4C-seq is een afgeleide 3C-methode, ontworpen om het genoom te doorzoeken naar sequenties die contact maken met een geselecteerde genomische plaats van belang. 4C-seq maakt gebruik van inverse PCR en next generation sequencing voor het amplificeren, identificeren en kwantificeren van de DNA-fragmenten die in contact komen met de genomische plaats van interesse. Het genereert hoge-resolutie contact profielen voor geselecteerde genomische sites op basis van beperkte hoeveelheden sequencing leest. 4C-seq kan worden gebruikt om meerdere aspecten van genoomorganisatie te bestuderen. Het dient in de eerste plaats om specifieke lange-afstand DNA-contacten tussen individuele regulerende DNA-modules te identificeren, de vorming van bijvoorbeeld regulerende chromatine lussen tussen enhancers en promotors, of architectonische chromatine lussen tussen cohesine- en CTCF-geassocieerde domein grenzen. Bovendien kan 4C-seq contact profielen onthullen de contouren van contact domeinen en kan de structurele domeinen die mede-bezetting van dezelfde nucleaire compartiment te identificeren. Hier presenteren we een verbeterde stap-voor-stap protocol voor monstervoorbereiding en het genereren van 4C-seq sequencing bibliotheken, met inbegrip van een geoptimaliseerde PCR en 4C sjabloon zuivering strategie. Daarnaast is een data processing pijplijn die multiplexed 4C-seq leest rechtstreeks verwerkt van FASTQ-bestanden en genereert bestanden die compatibel zijn met standaard genoom browsers voor visualisatie en verdere statistische analyse van de gegevens, zoals peak calling met behulp van peakC. De protocollen en de pijplijn gepresenteerd moet gemakkelijk iedereen in staat stellen te genereren, visualiseren en interpreteren van hun eigen hoge resolutie 4C contact datasets.