Hoe het Journaal moet worden geclassificeerd is omstreden geweest. Aanvankelijk werd het gepresenteerd en gelezen als non-fictie, maar in de jaren 1780 werd de fictieve status van het werk aanvaard. Er bleef discussie bestaan over de vraag of Defoe als de auteur van het werk kon worden beschouwd en niet slechts als de redacteur. Edward Wedlake Brayley schreef in 1835 dat The Journal “nadrukkelijk geen fictie is, niet gebaseerd op fictie … het wordt de herinnering groot onrecht aangedaan om het zo voor te stellen”. Brayley neemt de moeite om Defoe’s verslag te vergelijken met bekende bonafide verslagen zoals Loimologia van Dr. Nathaniel Hodges (1672), het dagboek van Samuel Pepys, en Thomas Vincent’s God’s Terrible Voice in the City by Plague and Fire (1667), en met primaire bronnen. Deze mening was ook Watson Nicholson toegedaan – schrijvend in 1919 – die stelde dat “er geen enkele verklaring in het Journal, die relevant is voor de geschiedenis van de Grote Pest in Londen, die niet is geverifieerd”, en dat het werk dus kan worden beschouwd als “authentieke geschiedenis”. Het is, volgens Nicholson, “een getrouwe optekening van historische feiten … zo was het bedoeld door de auteur”. Tenminste één moderne literaire criticus, Frank Bastian, is het ermee eens dat “het verzonnen detail … klein en onbelangrijk is” en dat het Journaal “dichter bij ons idee van geschiedenis staat dan bij dat van fictie”, en dat “alle twijfels die blijven bestaan of het als ‘fictie’ of ‘geschiedenis’ moet worden bestempeld, voortkomen uit de dubbelzinnigheden die inherent zijn aan deze woorden.”
Andere literaire critici hebben betoogd dat het werk moet worden beschouwd als een werk van fantasierijke fictie, en dus met recht kan worden omschreven als een “historische roman”. Dit standpunt werd ingenomen door Everett Zimmerman, die schreef: “Het is de intensiteit van de focus op de verteller die A Journal of the Plague Year meer op een roman doet lijken dan op … geschiedenis.” Defoe’s gebruik van de verteller “H.F.”, en zijn aanvankelijke presentatie van het dagboek als zijnde de herinneringen van een ooggetuige van de pest, is inderdaad het grootste knelpunt voor critici die het meer als een “romance” beschouwen – “een van de eigenaardige klasse van composities die zweven tussen romance en geschiedenis” zoals het werd beschreven door Sir Walter Scott – dan als een historisch verslag. Walter George Bell, een historicus van de pest, merkte op dat Defoe niet als een historicus beschouwd moet worden omdat hij zijn bronnen kritiekloos gebruikt.
Scott’s enigszins dubbelzinnige kijk op de aard van het Journal werd gedeeld door Defoe’s eerste grote biograaf, Walter Wilson, die er in Memoir of the Life and Times of Daniel De Foe (1830) over schreef dat ” has contrived to mix up so much that is authentic with the fabrications of his own brain, that it is impossible to distinguish one from the other; en hij heeft het geheel een zodanige gelijkenis gegeven met het vreselijke origineel, dat het de scepticus in verwarring brengt en hem omringt met zijn betoveringen.” In de ogen van Wilson is het werk een “verbond tussen geschiedenis en fictie”, waarbij het ene voortdurend overgaat in het andere en weer terug. Deze opvatting wordt gedeeld door John Richetti, die het Journal een soort “pseudogeschiedenis” noemt, een “dik feitelijk, zelfs grof waarheidsgetrouw boek” waarin “de verbeelding … af en toe opflakkert en die feiten overheerst.”
Deze alternatieve conceptualiseringen van het Journal – als fictie, geschiedenis, of geschiedenis-cum-fictie – blijven bestaan.