Infectie, ziekte, medicijnen of voedsel kunnen allemaal de kleur van de urine tijdelijk beïnvloeden. Zo kan troebele of melkachtige urine, die meestal gepaard gaat met een slechte geur, wijzen op een urineweginfectie, overmatige afscheiding van kristallen, vet, witte bloedcellen, rode bloedcellen of slijm.
Donkere urine die er bruin uitziet maar helder is, kan een waarschuwingsteken zijn van een ernstige leverziekte zoals hepatitis of cirrose. In dat geval wordt een teveel aan bilirubine via de urine afgevoerd.
In het geval dat de urine er roze, rood of lichter bruin uitziet, wordt dit over het algemeen veroorzaakt door bieten, bramen, bepaalde kleurstoffen in voedingsmiddelen, hemolytische anemie, nierfunctiestoornis, urineweginfectie, medicatie, porfyrie, intra-abdominale bloeding, vaginale bloeding, neoplasma gelegen in ofwel de blaas of de nieren.
Als de urine er donkergeel uitziet of op oranje lijkt, kunnen de oorzakelijke factoren zijn: recent gebruik van vitamine B-bevattende voedingssupplementen, caroteen, fenazopyridine, rifampine, warfarine en laxeermiddel.
De oorzakelijke of bijdragende factoren van de verandering van de kleur van de urine naar groen of blauw zijn de kunstmatige kleuren die in voedingsmiddelen en medicijnen voorkomen, of bilirubine-medicijnen zoals methyleenblauw, en urineweginfecties.