Abortieve initiatie is een normaal proces van transcriptie en komt zowel in vitro als in vivo voor. Na elke stap in de initiële transcriptie waarbij nucleotiden worden toegevoegd, kan RNA-polymerase stochastisch verder gaan op de weg naar promoter escape (productieve initiatie) of kan het RNA-product vrijkomen en terugkeren naar het open RNA-polymerase-promoter-complex (abortieve initiatie). Tijdens dit vroege stadium van de transcriptie komt RNA polymerase in een fase waarin dissociatie van het transcriptiecomplex energetisch concurreert met het elongatieproces. Abortieve cycli worden niet veroorzaakt door een sterke binding tussen het initiatiecomplex en de promotor.
DNA scrunchingEdit
Jarenlang bleef het mechanisme waarmee RNA polymerase zich tijdens de abortieve initiatie langs de DNA-streng verplaatst, onduidelijk. Men had waargenomen dat RNA polymerase tijdens de initiatie van de transcriptie niet uit de promotor ontsnapte, zodat onbekend was hoe het enzym de DNA-streng kon lezen om deze te transcriberen zonder stroomafwaarts te bewegen. In het laatste decennium hebben studies aangetoond dat abortieve initiatie gepaard gaat met DNA scrunching, waarbij RNA polymerase stationair blijft terwijl het afwikkelt en stroomafwaarts DNA in het transcriptiecomplex trekt om de nucleotiden door de actieve plaats van het polymerase te leiden, waardoor het DNA wordt getranscribeerd zonder te bewegen. Hierdoor hoopt het afgewikkelde DNA zich op binnen het enzym, vandaar de naam DNA “scrunching”. Bij abortieve initiatie rolt RNA polymerase opnieuw op en werpt het stroomafwaartse deel van het afgewikkelde DNA uit, waarbij het RNA vrijkomt en wordt teruggegaan naar het open RNA polymerase-promoter complex; bij productieve initiatie daarentegen rolt RNA polymerase opnieuw op en werpt het stroomopwaarts deel van het afgewikkelde DNA uit, waardoor de RNA polymerase-promoter interacties worden verbroken, de promotor wordt verlaten en een transcriptie-verlengcomplex wordt gevormd.
Een artikel uit 2006 dat de betrokkenheid van DNA scrunching bij initiële transcriptie aantoonde, stelde het idee voor dat de stress opgelopen tijdens DNA scrunching de drijvende kracht levert voor zowel abortieve initiatie als productieve initiatie. Een begeleidend artikel dat in hetzelfde jaar werd gepubliceerd, bevestigde dat detecteerbare DNA-scrunching optreedt in 80% van de transcriptiecycli, en eigenlijk wordt geschat op 100%, gezien de beperking van het vermogen om snelle scrunching te detecteren (20% van de scrunches heeft een duur van minder dan 1 seconde).
Een artikel uit 2016 toonde aan dat DNA-scrunching ook optreedt vóór RNA-synthese tijdens de selectie van de startplaats van de transcriptie.