abYsis is een webgebaseerd systeem voor antilichaamonderzoek dat een geïntegreerde database van antilichaamsequentie- en structuurgegevens bevat. Het systeem kan op verschillende manieren worden geraadpleegd – van eenvoudige tekst- en sequentiezoekopdrachten tot geavanceerde query’s die 3D-structuurrestricties toepassen. De publiek beschikbare versie bevat vooraf geanalyseerde sequentiegegevens van het European Molecular Biology Laboratory European Nucleotide Archive (EMBL-ENA) en Kabat, alsmede structuurgegevens van de Protein Data Bank. Eigen sequenties van onderzoekers kunnen ook worden geanalyseerd via de webinterface. Een onderscheidend kenmerk van abYsis is dat de sequenties automatisch worden genummerd met een reeks populaire schema’s zoals Kabat en Chothia en vervolgens worden geannoteerd met belangrijke informatie zoals complementariteit-bepalende regio’s en potentiële post-translationele modificaties. Een uniek aspect van abYsis is een set van residu frequentie tabellen voor elke positie in een antilichaam, waardoor “ongebruikelijke residuen” (die zelden voorkomen op een bepaalde positie) kunnen worden gemarkeerd en beslissingen kunnen worden genomen over welke mutaties acceptabel kunnen zijn. Dit is vooral nuttig bij het vergelijken van antilichamen van verschillende soorten. abYsis is nuttig voor elke onderzoeker die gespecialiseerd is in antilichaam engineering, vooral voor diegenen die antilichamen als geneesmiddelen ontwikkelen. abYsis is beschikbaar op www.abysis.org.