De Acariformes kunnen worden onderverdeeld in twee hoofdclades – Sarcoptiformes en Trombidiformes. Daarnaast werd vroeger ook een parafyletische groep met primitieve vormen, de Endeostigmata, als aparte groep beschouwd. Deze laatste groep bestaat uit slechts 10 families van weinig bestudeerde, minuscule mijten met zacht lichaam, die vast voedsel opnemen, zoals schimmels, algen en ongewervelde dieren met zacht lichaam, zoals nematoden, rotiferen en tardigrades. Deze clades werden vroeger beschouwd als onderordes, maar dit laat geen voldoende nauwkeurige classificatie van de mijten toe en is afgeschaft in modernere behandelingen; de Endeostigmata worden afwisselend beschouwd als een onderorde op zichzelf (de oude opvatting) of worden hoofdzakelijk opgenomen in de Sarcoptiformes, waardoor beide groepen monofyletisch worden.
Een andere groep die vaak wordt genoemd is de Actinedida, maar in behandelingen als de onderhavige wordt deze opgesplitst tussen de Sarcoptiformes (en vroeger de afzonderlijke Endeostigmata) en de Trombidiformes (die het grootste deel van de “Actinedida” bevat), omdat het een massaal parafyletisch “afvalbak-taxon” blijkt te zijn, waarin alle Acariformes zijn verenigd die niet de “typische” Oribatida en Astigmatina zijn. De Trombidiformes hebben hun eigen problemen. De kleine groep Sphaerolichida lijkt de oudste stam onder hen te zijn. De Prostigmata worden echter op verschillende manieren onderverdeeld in de Anystina en Eleutherengona, en Eupodina. De afbakening en onderlinge relaties van deze groepen zijn volstrekt onduidelijk; terwijl de meeste analyses één van de laatste twee, maar niet de andere, als een subgroep van de Anystina beschouwen; geen van deze onderling tegenstrijdige hypothesen is erg robuust; mogelijk is dit een eenvoudige fout omdat fylogenetische software gewoonlijk faalt bij het hanteren van niet-dichotome fylogenieën. Bijgevolg is het voorlopig het beste om elk van de drie hoofdlijnen van de prostigmata te beschouwen als even onderscheiden van de andere twee.