Protopov werd in 1907 als lid van de centralistische Octobristische Partij gekozen als afgevaardigde naar zowel de Derde als de Vierde Dumas. In 1912 werd Protopopov gekozen tot Maarschalk van Adel van Karsoenski Oejzd. In 1916 werd hij gekozen tot maarschalk van het gouvernement Simbirsk en werd hij tevens voorzitter van de Raad van de Metaalnijverheid, die werd gecontroleerd door banken die afhankelijk waren van Duitse syndicaten.
In november 1913 of mei 1914 werd Protopopov benoemd tot vice-voorzitter van de Keizerlijke Doema onder Michail Rodzianko, waar hij van 1914 tot 1916 als vice-voorzitter fungeerde. Protopopov richtte een krant op, Russkaja Volja (“De wil van Rusland”), die door de banken werd gefinancierd en benoemde Nikolaj Gredeskoel en Aleksandr Amfiteatrov tot journalisten. Volgens Jozef T. Fuhrmann werd Protopopov vanaf eind 1915 zes volle maanden opgenomen in de kliniek van Peter Badmayev. In het voorjaar van 1916 leidde Protopopov, op verzoek van Rodzianko, samen met Pavel Milyukov een delegatie van Doema-leden om de banden aan te halen met de Entente-mogendheden, Ruslands westerse bondgenoten in de Eerste Wereldoorlog. Protopopov had een ontmoeting met de Duitse industrieel en politicus Hugo Stinnes, de bankier Fritz M. Warburg, en de Zweedse minister van Buitenlandse Zaken Knut Wallenberg. Protopopov kreeg bij zijn terugkeer uit Frankrijk en het Verenigd Koninkrijk te maken met een heftig vijandig onthaal van de pro-Britse Russische liberalen, en uit zelfverdediging beweerde hij dat Warburg het initiatief tot de gesprekken had genomen. De geheime contacten van Protopopov over vrede en een ruil tussen Rusland en Duitsland werden een schandaal, dat volgens The New York Times een aanwijzing was voor de toenadering tussen de Russische en Duitse regering. Protopopov werd alom verdacht van contacten met de Duitse diplomaat Hellmuth Lucius von Stoedten. In 1925 herschreef de nazi-journalist Theodor Fritsch het verhaal en beweerde dat Warburg het keizerlijke Duitsland te gronde had gericht, de communistische zaak had bevorderd, en de hele loop van de Europese geschiedenis had veranderd.)
Minister van Binnenlandse ZakenEdit
Alexander Protopopov en twee adjudanten, september 1916
Op 20 juli 1916 had Protopopov een formele ontmoeting met tsaar Nicolaas II, die hem omschreef als “een man die ik zeer mag”. Alexander Kerenski had hem omschreven als “knap, elegant, innemend …. gematigd liberaal en altijd aangenaam”. Keizerin Alexandra drong er herhaaldelijk bij haar echtgenoot op aan om Protopopov te benoemen tot Minister van Binnenlandse Zaken, omdat het plaatsen van de vice-voorzitter van de Doema op een sleutelpost de betrekkingen tussen de Doema en de monarchie zou kunnen verbeteren. Hoewel hij onder de indruk was van Protopopovs charme, twijfelde Nicholas aanvankelijk aan zijn geschiktheid voor een positie die verantwoordelijkheid inhield voor politie en voedselvoorziening in een tijd van instabiliteit en tekorten. Protopopov had geen bureaucratische ervaring en wist weinig van het politieapparaat. Toch keurde de tsaar zijn benoeming tot manager van het ministerie van Binnenlandse Zaken goed tussen 16 en 20 september 1916. Volgens Richard Pipes kreeg Protopopov carte blanche om het land te besturen. Hoewel hij eerder als tamelijk liberaal werd beschouwd, zag Protopopov zijn nieuwe rol als die van het behoud van de tsaristische autocratie. Omdat de tsaar afwezig was op het hoofdkwartier van Stavka, leek de regering van Rusland te worden geleid als een soort persoonlijke zaak tussen de keizerin, Grigori Raspoetin en Protopopov, met de hulp van Anna Vjoebova. Protopopov zette het reactionaire beleid van zijn voorganger, Boris Stürmer, voort met steun van de keizerin.
Volgens Rodzianko en Bernard Pares was Protopopov op dat moment mentaal instabiel en waren zijn toespraken onsamenhangend. “Ondanks zijn planning op papier, schijnt hij nooit een effectief voorstel te hebben gehad voor de oplossing van een van de ernstige en kritieke problemen die hij daar moest oplossen.” In oktober stelde Protopopov voor om een groep bankiers uit Petrograd al het Russische brood te laten opkopen en het door het land te laten verdelen. Protopopov beval de vrijlating van Vladimir Soechomlinov, de voormalige minister van Oorlog die was gearresteerd in een geruchtmakend schandaal met betrekking tot beschuldigingen van hoogverraad en machtsmisbruik, en die verantwoordelijk werd gesteld voor de talrijke vroege nederlagen van Rusland in de Eerste Wereldoorlog. Toen het Russische publiek vernam dat Protopopov de nu berooide en verachte Soechomlinov in zijn appartement had bezocht, werd hij in de Doema zwaar bekritiseerd en werd de reputatie van de regering geschaad. Protopopov was van plan de overheidsorganisaties te onderdrukken, vooral Zemgor en de Comités voor de Oorlogsindustrie, om de steun van de zakenwereld terug te winnen, die hij beter kende dan al het andere. In november verzocht Protopopov om ontbinding van de Doema.
Alexander Trepov, de nieuwe premier, deelde Protopopov mee dat hij wilde dat hij zijn post bij het ministerie van Binnenlandse Zaken opgaf en die van Handel overnam, maar Protopopov weigerde. In november 1916 stelde Trepov het ontslag van Protopopov als voorwaarde voor de aanvaarding van het voorzitterschap van de Raad. De keizerin, die een hekel had aan Trepov, probeerde Protopopov in zijn invloedrijke positie in het ministerie van Binnenlandse Zaken te behouden. Op 14 november 1916 (O.S.) reisde Trepov naar de Stavka voor een ontmoeting met de tsaar om de groeiende crisis als gevolg van de Eerste Wereldoorlog te bespreken, maar hij dreigde de volgende dag af te treden. Op 17 november werd Nikolai Pokrovsky benoemd tot minister van Buitenlandse Zaken, maar hij kondigde tot vier maal toe zijn ontslag aan wegens onenigheid met Protopopov. Pokrovsky was voorstander van het aantrekken van Amerikaans financieel kapitaal in de Russische economie. Op 7 december eiste het kabinet dat Protopopov naar de tsaar zou gaan en ontslag zou nemen, maar in plaats daarvan werd hij op verzoek van de tsarina tot minister benoemd. In december 1916 verbood Protopopov de zemstvos om bijeen te komen zonder dat er politieagenten aanwezig waren. “Protopopov vond dat deze organisatie werd gedomineerd door een revolutionaire bezoldigde staf en dat in het algemeen de eis van oppositieactivisten om een rol te spelen in voedselvoorzieningszaken was bedoeld om politieke en geen praktische doelen te bevorderen. Toen de bevoorradingsproblemen Protopopov boven het hoofd bleken te groeien, hief hij de registratie-eisen voor joodse inwoners van Moskou en andere steden op.
Protopov werd vaak behandeld door Peter Badmayev, een kwakzalver die nauw verbonden was met de Russische keizerlijke familie.