Vergeleken met andere antilichaamformaten zoals IgG’s, Fab-fragmenten of scFvs, hebben VHH-domeinen veel unieke eigenschappen en voordelen.
Ten eerste bestrijken VHH’s, met slechts drie CDR-lussen en een neiging tot lange CDR3-sequenties, een andere, maar overlappende epitopenruimte in vergelijking met conventionele IgG’s. In het algemeen lijkt er een tendens te zijn om zich te binden aan natieve, discontinue conformatie-epitopen in plaats van aan lineaire peptide-epitopen. Uitzonderingen zijn ChromoTek’s anti-Spot-Tag VHH en anti-Myc VHH, die respectievelijk kleine lineaire peptide-tags herkennen.
VHH’s kunnen worden geproduceerd in een verscheidenheid van verschillende expressiesystemen, variërend van bacteriën via gist tot zoogdiercellen. Net als conventionele IgG’s kunnen ze worden gelabeld met een verscheidenheid aan (fluorescente) kleurstoffen, biotine of andere kleine moleculen. Bovendien kunnen ze covalent worden gehecht aan oppervlakken, zoals agarosekorrels of andere matrices. Ook is plaatsgerichte functionalisatie en stoichiometrische labelhechting mogelijk.
Door hun geringe grootte (ca. 12-15 kDa) en enkelvoudige ketenstructuur zijn VHH’s geschikt voor toepassingen waarvoor de grote omvang van conventionele IgG’s met vier peptideketens (150 kDa) nadelig is, zoals superresolutiemicroscopie, weefselpenetratie of FRET- en ECL-gebaseerde technieken.
Belangrijk is dat VHH-domeinen perfect geschikt zijn voor het genereren van bispecifieke antilichaamformaten, hetzij door genetische fusie, hetzij door conjugatie met andere recombinante antilichamen. Ook hier geldt dat hun geringe omvang, hoge stabiliteit en goede expressiemogelijkheden voordelig zijn voor het genereren van bi- of zelfs multispecifieke moleculen.
Verder, en in tegenstelling tot volledige IgG’s, kunnen bepaalde VHH’s genetisch intracellulair tot expressie worden gebracht en zich binden aan hun respectieve intracellulaire doeleiwitten. Wanneer ze gefuseerd worden met fluorescente proteïnen zoals GFP of RFP, kunnen deze sdAbs gebruikt worden voor intracellulaire visualisatie van de endogene doelstructuren in vivo. ChromoTek biedt een verscheidenheid van dergelijke VHH-FP fusies, Chromobodies genaamd, b.v. voor in vivo visualisatie van actine, PCNA, de nucleaire Lamina en andere cytoskelet of nucleaire structuren.