Welkom!
|
|
Garrett M. Morris David S. Goodsell Ruth Huey William Lindstrom William E. Hart Scott Kurowski Scott Halliday Rik Belew Arthur J. Olson |
Wat is AutoDock?
AutoDock is een suite van geautomatiseerde docking tools. Het is ontworpen om te voorspellen hoe kleine moleculen, zoals substraten of kandidaat-geneesmiddelen, zich binden aan een receptor met een bekende 3D-structuur.
De huidige distributies van AutoDock bestaan uit twee generaties software: AutoDock 4 en AutoDock Vina.
AutoDock 4 bestaat eigenlijk uit twee hoofdprogramma’s: autodock voert de docking van het ligand uit op een set grids die het doeleiwit beschrijven; autogrid berekent deze grids vooraf.
Naast het gebruik voor docking, kunnen de atomaire affiniteitsgrids worden gevisualiseerd. Dit kan bijvoorbeeld helpen om organisch-synthetische chemici te begeleiden bij het ontwerpen van betere binders.
AutoDock Vina hoeft geen atoomtypen te kiezen en rasterkaarten voor hen vooraf te berekenen. In plaats daarvan berekent het de rasters intern, voor de atoomtypen die nodig zijn, en het doet dit vrijwel direct.
We hebben ook een grafische gebruikersinterface ontwikkeld, AutoDockTools, of kortweg ADT, waarmee onder andere kan worden ingesteld welke bindingen in het ligand als roteerbaar worden behandeld en waarmee dockings kunnen worden geanalyseerd.
AutoDock heeft toepassingen in:
|
 |
AutoDock 4 is gratis en is beschikbaar onder de GNU General Public License. AutoDock Vina is beschikbaar onder de Apache licentie, die commercieel en niet-commercieel gebruik en herdistributie toestaat. Klik op de “Downloads” tab. En veel plezier bij het docken!
Wat is AutoDock Vina?
AutoDock Vina is een nieuwe generatie docking-software van het Molecular Graphics Lab. De gemiddelde nauwkeurigheid van de voorspellingen van de bindingsmodus is aanzienlijk verbeterd, terwijl AutoDock Vina tot twee orden van grootte sneller is dan AutoDock 4.1
Omdat de scorefuncties van AutoDock 4 en AutoDock Vina verschillend en onnauwkeurig zijn, kan voor elk probleem een van beide programma’s een beter resultaat opleveren.
Detaille informatie is te vinden op de website van AutoDock Vina.
Wat is er nieuw?
1 juni 2009
AutoDock 4.2 is sneller dan eerdere versies, en staat toe dat de zijketens in het macromolecuul flexibel zijn. Net als voorheen is rigid docking verblindend snel, en flexibele docking van hoge kwaliteit kan in ongeveer een minuut worden uitgevoerd. Tot 40.000 starre docks kunnen worden gedaan in een dag op een cpu.
AutoDock 4.2 heeft nu een vrije-energie scoring functie die is gebaseerd op een lineaire regressie analyse, het AMBER krachtveld, en een nog grotere set van diverse eiwit-ligand complexen met bekende remmingsconstanten dan we gebruikten in AutoDock 3.0. Het beste model werd kruisgevalideerd met een aparte set van HIV-1 protease complexen, en bevestigde dat de standaardfout ongeveer 2,5 kcal/mol is. Dit is genoeg om onderscheid te maken tussen afleidingen met milli-, micro- en nano-molaire remmingsconstanten.
U kunt meer lezen over de nieuwe functies in AutoDock 4.2 en hoe deze te gebruiken in de AutoDock4.2 User Guide.
AutoDock 4 is Free Software
May 7, 2007
De introductie van AutoDock 4 bestaat uit drie belangrijke verbeteringen:
- De dockingresultaten zijn nauwkeuriger en betrouwbaarder.
- Flexibiliteit in het macromolecuul kan optioneel worden gemodelleerd.
- Hiermee kan AutoDock worden gebruikt bij de evaluatie van eiwit-eiwitinteracties.
AutoDock 4.0 is niet alleen sneller dan eerdere versies, maar maakt het ook mogelijk zijketens in het macromolecuul flexibel te maken. Net als voorheen is rigid docking verblindend snel, en flexibele docking van hoge kwaliteit kan worden gedaan in ongeveer een minuut. Tot 40.000 starre docks kunnen worden gedaan in een dag op een cpu.
AutoDock 4.0 heeft nu een vrije-energie scoring functie die is gebaseerd op een lineaire regressie analyse, het AMBER krachtveld, en een nog grotere set van diverse eiwit-ligand complexen met bekende inhibiton constanten dan we gebruikten in AutoDock 3.0. Het beste model werd kruisgevalideerd met een aparte set van HIV-1 protease complexen, en bevestigde dat de standaardfout ongeveer 2,5 kcal/mol is. Dit is genoeg om onderscheid te maken tussen afleidingen met milli-, micro- en nano-molaire remmingsconstanten.
Meer details over de nieuwe functies kunt u lezen in AutoDock4.2 User Guide.
AutoDock 4.0 kan worden gecompileerd om gebruik te maken van nieuwe zoekmethoden uit de optimalisatie bibliotheek, ACRO, ontwikkeld door William E. Hart bij Sandia National Labs. Wij hebben ook enkele nieuwe mogelijkheden toegevoegd aan onze bestaande evolutionaire methoden. Wij bieden nog steeds de Monte Carlo gesimuleerde annealing (SA) methode van 2.4 en eerder. Het Lamarckiaans Genetisch Algoritme (LGA) is een grote verbetering op het Genetisch Algoritme, en beide genetische methoden zijn veel efficiënter en robuuster dan SA.
Mailing List en Forum
We hebben een mailing list en forum voor AutoDock gebruikers opgezet. Hier is meer informatie over de AutoDock Lijst (ADL). URL voor het forum is http://mgl.scripps.edu/forum.
Wat is AutoDockTools (ADT)?
Wij hebben onze grafische front-end voor AutoDock en AutoGrid, ADT (AutoDockTools), ontwikkeld en blijven deze verbeteren. Het draait op Linux, Mac OS X, SGI IRIX en Microsoft Windows. Er zijn ook nieuwe tutorials, samen met begeleidende voorbeeldbestanden.
Waar wordt AutoDock gebruikt?
AutoDock is nu gedistribueerd naar meer dan 29000 gebruikers over de hele wereld. Het wordt gebruikt in academische, gouvernementele, non-profit en commerciële omgevingen. In januari 2011, liet een zoekactie in de ISI Citation Index zien dat meer dan 2700 publicaties de primaire AutoDock methode papers hebben geciteerd.
AutoDock wordt nu gedistribueerd onder de GPL open source licentie en is vrij beschikbaar voor iedereen om te gebruiken. Vanwege de beperkingen van het opnemen van software onder GPL licentie in andere codes met het oog op herdistributie, willen sommige bedrijven AutoDock wellicht onder een aparte licentieovereenkomst licenseren – wat wij kunnen regelen. Neem contact op met Prof. Arthur J. Olson op + 1 (858) 784-2526 voor meer informatie.
Waarom AutoDock gebruiken?
AutoDock wordt veel gebruikt en er zijn veel voorbeelden van succesvolle toepassing in de literatuur (zie Referenties); in 2006 was AutoDock de meest geciteerde docking software. Het is zeer snel, geeft voorspellingen van ligandconformatie van hoge kwaliteit, en goede correlaties tussen voorspelde remmingsconstanten en experimentele constanten. AutoDock is ook nuttig gebleken bij blind docking, waarbij de plaats van de bindingsplaats niet bekend is. Bovendien is AutoDock gratis software en wordt versie 4 verspreid onder de GNU General Public License; het is ook gemakkelijk te verkrijgen.
Run uw AutoDock onderzoeksproject op World Community Grid!
Draait uw onderzoek op AutoDock? Zo ja, dan kunt u wellicht profiteren van de gratis rekenkracht van World Community Grid om uw onderzoek te versnellen. AutoDock is al “grid-enabled” gemaakt door het technische team van World Community Grid en draait op World Community Grid met de volgende projecten:
- FightAIDS@Home-project van The Scripps Research Institute.
- Discover Dengue Drugs – Together project van The University of Texas Medical Branch.
- Help mee kanker bij kinderen te bestrijden
- Antivirale geneesmiddelen voor influenza zoeken
- GO Strijd tegen Malaria
Bekijk de criteria voor onderzoeksprojecten van World Community Grid en neem contact op met World Community Grid als u een idee hebt voor een projectvoorstel of als u vragen hebt.