Muḥammad ʿAlī en zijn opvolgers
In juli 1820 zond Muḥammad ʿAlī, onderkoning van Egypte onder het Ottomaanse Rijk, een leger onder zijn zoon Ismāʿīl om de Soedan te veroveren. Muḥammad ʿAli was geïnteresseerd in het goud en de slaven die de Soedan kon opleveren en wenste het uitgestrekte achterland ten zuiden van Egypte te controleren. In 1821 hadden de Funj en de sultan van Darfur zich overgegeven, en werd het Nilotische Soedan van Nubië tot de Ethiopische uitlopers en van de Atbara rivier tot Darfur deel van Muḥammad ʿAlī’s uitbreidende rijk.
Het innen van belastingen onder Muḥammad ʿAlī’s bewind kwam neer op vrijwel confiscatie van goud, vee en slaven, en de oppositie tegen zijn bewind werd hevig, en barstte uiteindelijk uit in rebellie en de moord op Ismāʿīl en zijn lijfwacht. Maar het ontbrak de rebellen aan leiderschap en coördinatie, en hun opstand werd op brute wijze onderdrukt. Een norse vijandigheid bij de Soedanezen werd beantwoord met voortdurende onderdrukking tot de benoeming van ʿAlī Khūrshīd Āghā tot gouverneur-generaal in 1826. Zijn regering luidde een nieuw tijdperk in voor de Egyptisch-Soedanese betrekkingen. Hij verlaagde de belastingen en overlegde met de Soedanezen via de gerespecteerde Soedanese leider ʿAbd al-Qādir wad al-Zayn. Er werden amnestiebrieven verleend aan voortvluchtigen. Er werd een billijker belastingsysteem ingevoerd, en de steun van de machtige klasse van heilige mannen en sjeiks (stamhoofden) voor het bestuur werd verkregen door hen vrij te stellen van belastingen. Maar ʿAlī Khūrshīd was niet tevreden met alleen maar het herstellen van Soedan in zijn oude staat. Onder zijn initiatief werden de handelsroutes beschermd en uitgebreid, Khartoum werd ontwikkeld als administratieve hoofdstad, en een groot aantal landbouwkundige en technische verbeteringen werden doorgevoerd. Toen hij zich in 1838 in Caïro terugtrok, liet hij een welvarend en tevreden land achter zich.
Zijn opvolger, Aḥmad Pasja Abū Widān, zette zijn beleid op enkele uitzonderingen na voort en maakte het tot zijn eerste zorg de officiële corruptie uit te roeien. Abū Widān trad meedogenloos op tegen overtreders of tegen degenen die zijn plannen om de belastingen te reorganiseren trachtten te dwarsbomen. Hij was bijzonder gesteld op het leger, dat de vruchten plukte van een regelmatig loon en aanvaardbare omstandigheden, in ruil voor het dragen van de grootste last van de uitbreiding en consolidatie van het Egyptische bestuur in Kassalā en onder de Baqqārah-Arabieren van Zuid-Kordofan. Muḥammad ʿAlī, die Abū Widān van ontrouw verdacht, riep hem in de herfst van 1843 terug naar Caïro, maar hij stierf op mysterieuze wijze, volgens velen door vergif, voordat hij Soedan verliet.
Tijdens de volgende twee decennia stagneerde het land door het ineffectieve bestuur in Khartoem en het getreuzel van de onderkoningen in Caïro. Als de opvolgers van Abū Widān bestuurlijk talent bezaten, waren zij zelden in staat dit te tonen. Geen gouverneur-generaal bleef lang genoeg in functie om zijn eigen plannen in te voeren, laat staan die van zijn voorganger voort te zetten. Nieuwe plannen werden nooit opgestart en oude projecten lieten ze verkommeren. Zonder leiding raakten het leger en de bureaucratie gedemoraliseerd en onverschillig, terwijl de Soedanezen zich ontevreden begonnen te voelen over de regering. In 1856 bezocht onderkoning Saʿīd Pasja Soedan en geschokt door wat hij zag, overwoog hij Soedan helemaal te verlaten. In plaats daarvan schafte hij het ambt van gouverneur-generaal af en liet elke Soedanese provincie rechtstreeks verslag uitbrengen aan het viceregale gezag in Caïro. Deze stand van zaken bleef bestaan tot de dood van Saʿīd in 1863.
Tijdens deze rustige decennia begonnen echter twee onheilspellende ontwikkelingen die een voorbode waren van toekomstige problemen. Als reactie op de druk van de westerse mogendheden, met name Groot-Brittannië, kreeg de gouverneur-generaal van Soedan de opdracht de slavenhandel te stoppen. Maar zelfs de onderkoning zelf kon de gevestigde gewoonte niet met een pennenstreek en de oprichting van enkele politieposten overwinnen. De beperking van de slavenhandel riep verzet op bij de Soedanezen, maar de benoeming van christelijke bestuursambtenaren en de uitbreiding van de Europese christelijke gemeenschap in Soedan veroorzaakten een openlijk ressentiment. Europese kooplieden, meestal van mediterrane afkomst, werden door de Soedanezen genegeerd of getolereerd en beperkten hun contacten tot landgenoten binnen hun eigen gemeenschap en tot de Turks-Egyptische ambtenaren wier manieren en kleding zij vaak overnamen. Zij werden een machtige en invloedrijke groep, wier blijvende bijdrage aan Soedan erin bestond het voortouw te nemen bij het openstellen van de Witte Nijl en Zuid-Soedan voor scheepvaart en handel, nadat Muḥammad ʿAlī in 1838 onder druk van de Europese mogendheden de staatsmonopolies op de handel in Soedan had afgeschaft.