De AAA+ ATPases zijn enzymen die een P-lus NTPase domein bevatten, en fungeren als moleculaire chaperones, ATPase subeenheden van proteasen, helicasen of nucleïnezuur-gestimuleerde ATPases. Alle beschikbare sequenties en structuren van AAA+ eiwitdomeinen werden vergeleken met als doel de definitieve sequentie- en structuurkenmerken van deze domeinen te identificeren en de belangrijkste gebeurtenissen in hun evolutie af te leiden. Een evolutionaire classificatie van de AAA+ klasse werd ontwikkeld met behulp van standaard fylogenetische methoden, analyse van gedeelde sequentie- en structuurkenmerken, en op gelijkenis gebaseerde clustering. Deze analyse resulteerde in de identificatie van 26 grote families binnen de AAA+ ATPase klasse. We beschrijven ook de positie van de AAA+ ATPases ten opzichte van de RecA/F1, helicase superfamilies I/II, PilT, en ABC klassen van P-loop NTPases. De AAA+ klasse blijkt een vroege radiatie te hebben ondergaan in de clamp-loader, DnaA/Orc/Cdc6, klassieke AAA, en “pre-sensor 1 beta-hairpin” (PS1BH) clades. Binnen de PS1BH-clade vormen chelatases, MoxR, YifB, McrB, Dynein-midasine, NtrC en MCM’s een monofyletische groep die wordt gedefinieerd door een afzonderlijke invoeging in helix-2 van de geconserveerde ATPase-kern, en een extra helicaal segment tussen het ATPase-kerndomein en de C-terminale alfa-helicale bundel. Tenminste 6 verschillende AAA+ proteïnen, die de verschillende grote clades vertegenwoordigen, zijn te herleiden tot de laatste universele gemeenschappelijke voorouder (LUCA) van het huidige cellulaire leven. Bovendien waren superfamilie III helicasen, die tot de PS1BH groep behoren, in dit stadium waarschijnlijk aanwezig in virusachtige “egoïstische” repliconen. De volgende grote radiatie, aan de basis van de twee prokaryotische koninkrijken, bacteriën en archaea, gaf aanleiding tot het ontstaan van verschillende chaperones, ATPase subeenheden van proteasen, DNA helicases, en transcriptiefactoren. De derde grote radiatie, aan het begin van de eukaryote evolutie, droeg bij tot het ontstaan van verschillende eukaryote-specifieke aanpassingen met betrekking tot nucleaire en cytoskeletale functies. De nieuwe relaties en voorheen onontdekte domeinen die hier gerapporteerd worden, zouden nieuwe aanknopingspunten kunnen bieden voor het onderzoeken van de biologie van AAA+ ATPases.