De videoclip van Judith is geregisseerd door David Fincher, de regisseur van Fight Club, Se7en, en videoclips voor Aerosmith, Madonna, en The Wallflowers. De video bestaat uit een optreden van de band in een grote, lege studio met veel van Fincher’s kenmerkende filmische trucs: donkere rokerige verlichting, het verdoezelen van gezichten, uitgebreide film scratching, en frame manipulatie. Alle leden zijn te zien terwijl ze hun instrumenten bespelen in de video. Aan het einde van het eerste refrein en het begin van het tweede couplet, waarin de bas wegvalt voor een gedeelte met alleen drums en leadgitaar, is te zien hoe bassiste Paz Lenchantin haar haar in een knot doet. Ze kon dit echter niet snel genoeg in real time doen tijdens het filmen, en daarom werd de sectie iets versneld voor de gefilmde actie om de ruimte binnen het nummer te passen. In een interview met Sook-Yin Lee, een voormalige MuchMusic VJ, onthulde Howerdel dat de band oorspronkelijk van plan was om de video een verhaallijn te geven, maar door tijdgebrek was dat niet mogelijk.