Critici van het project zijn van mening dat de begunstigde staten hun eigen water beter moeten beheren alvorens het van buiten de regio te importeren. Ook bisschop Luiz Flávio Cappio van Bahia vraagt zich af waarom water wordt geëxporteerd terwijl 3 miljoen armen langs de Sao Francisco-rivier leven en velen van hen niet over stromend water of behoorlijke sanitaire voorzieningen beschikken. Hij betoogt dat de overbrenging “enorme middelen zal vergen die zouden kunnen worden besteed aan andere projecten die veel dichter bij de realiteit van de mensen staan”. Ook wordt beweerd dat het project vooral ten goede zal komen aan rijkere boeren die reeds over irrigatie-infrastructuur beschikken en niet aan boeren die regen verbouwen en het zwaarst door de droogte worden getroffen. Het vermeende tekort aan water in de Sao Francisco-rivier zelf tijdens het droge seizoen, en de daaruit voortvloeiende gevolgen voor de aquatische ecosystemen, is een ander argument van de critici. João Alves Filho, gouverneur van de deelstaat Sergipe, zegt bijvoorbeeld dat er al “tekenen van sterfte” zijn waar de rivier in zee uitmondt. Marco Antônio Tavares Coelho, een vooraanstaand tegenstander, zegt dat “dorheid de natuurlijke staat van de sertão is” en dat het weken ervan zou zijn als “het verwijderen van ijs van de Noordpool”. In 2001 weigerde de Wereldbank naar verluidt het project te financieren vanwege het beperkte effect ervan op de bestrijding van armoede en droogte.