Beschrijving
Het RefSeq Genen-spoor toont bekende eiwit-coderende en niet-eiwit-coderende genen van muizen uit de NCBI RNA-referentiesequentieverzameling (RefSeq). De gegevens die aan dit spoor ten grondslag liggen, worden wekelijks bijgewerkt.
Bezoek de Feedback for Gene and Reference Sequences (RefSeq) pagina om suggesties te doen, aanvullingen en correcties voor te leggen, of om hulp te vragen met betrekking tot RefSeq records.
Voor meer informatie over de verschillende genensporen, zie onze Genen FAQ.
Weergaveconventies en configuratie
Dit spoor volgt de weergaveconventies voor andere voorspellingssporen.De kleurschakering geeft het niveau van beoordeling aan dat het RefSeq-record heeft ondergaan: voorspeld (licht), voorlopig (medium), beoordeeld (donker).
De itemlabels en weergavekleuren van kenmerken binnen deze track kunnen worden geconfigureerd met de knoppen bovenaan de pagina met de beschrijving van de track.
- Label: Standaard worden items gelabeld met de gennaam. Klik op de juiste Label-optie om de toetredingsnaam weer te geven in plaats van de gennaam, om zowel de gen- als de toetredingsnaam weer te geven, of om het label volledig uit te schakelen.
- Codon-kleuring: Dit spoor bevat een optionele codon coloring-feature die gebruikers toelaat om snel genvoorspellingen te valideren en te vergelijken.Om codon-kleuren weer te geven, selecteert u de genomische codons-optie uit hetColor track by codons pull-down menu. Voor meer informatie over dezefeature, ga naar de paginaKleur genvoorspellingen en annotaties per codon.
- Verberg niet-coderende genen: Standaard worden zowel de eiwit-coderende als de niet-eiwit-coderende genen weergegeven. Als u alleen de coderende genen wilt zien, klikt u op dit vakje.
Methodes
RefSeq RNA’s werden uitgelijnd tegen het muizengenoom met BLAT. Degenen met een uitlijning van minder dan 15% werden verwijderd. Wanneer een enkele RNAaligned op meerdere plaatsen, werd de uitlijning met de hoogste basis-identiteit geïdentificeerd. Alleen uitlijningen met een basisidentiteit binnen 0,1% van de beste en ten minste 96% basisidentiteit met de genoomsequentie werden behouden.
Credits
Dit spoor werd geproduceerd bij UCSC uit RNA-sequentiegegevens gegenereerd door wetenschappers over de hele wereld en gecureerd door het NCBIRefSeq project.
Kent WJ.BLAT – het BLAST-achtige uitlijningstool.Genome Res. 2002 Apr;12(4):656-64.PMID: 11932250; PMC: PMC187518
Pruitt KD, Brown GR, Hiatt SM, Thibaud-Nissen F, Astashyn A, Ermolaeva O, Farrell CM, Hart J,Landrum MJ, McGarvey KM et al.RefSeq: an update on mammalian reference sequences.Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D756-63.PMID: 24259432; PMC: PMC3965018