De omstandigheden in de gevangenis waren erbarmelijk. Het was een vuile vloer, vol met luizen, donker, troosteloos, en het stonk er naar tabak en mest. Het was er heet in de zomer en koud in de winter. IJzeren tralies bedekten de ramen. Om te voorkomen dat de geesten van de beschuldigden vrij rondvlogen en de getroffenen lastigvielen, hielden de cipiers de veroordeelden vast met boeien, ook de jongeren, de ouderen en de zieken. De gevangenen moesten betalen voor hun kost en inwoning (ongeveer twee schellingen en zes pence per week), plus een vergoeding voor hun ketenen. Het is niet zeker of er onderaardse cellen waren; met “kerker” werd waarschijnlijk de hoofdkamer op de eerste verdieping bedoeld.
Het was in de gevangenis van Salem waar Martha Corey werd geëxcommuniceerd voordat zij op 22 september werd opgehangen. Van hieruit werd Giles Corey naar een open veld gebracht en doodgedrukt, in een poging om hem te dwingen terecht te staan. De 17-jarige kleindochter van George Jacobs, die haar grootvader van hekserij had beschuldigd, schreef een brief waarin zij hem om vergiffenis vroeg terwijl hij zijn executie in de gevangenis van Salem afwachtte. Margaret Jacobs was zelf beschuldigd en had uit angst hekserij bekend en verschillende anderen beschuldigd, waaronder haar grootvader. Het was ook hier dat Mary Warren, de dienstbode van John en Elizabeth Proctor, werd onderzocht door de magistraten en de dominees. Warren had beweerd dat ze behekst was en beschuldigde haar werkgevers. Toen zij dit herriep, werd ook zij van hekserij beschuldigd.
Als iemand eenmaal voor hekserij was veroordeeld, was het meestal slechts een kwestie van dagen voordat hij werd terechtgesteld. De hoge sheriff van Essex County, George Corwin, haalde de veroordeelden bij de gevangenis op en bracht ze per kar, met bereden bewakers langszij, naar de executieplaats aan de rand van de stad.
In 1813 werd een nieuwe gevangenis in Salem gebouwd, aan de overkant van Prison Lane waar deze kruiste met Bridge Street, dichter bij de North River. Het hout van de oude gevangenis werd in 1863 door Abner Cheney Goodall gebruikt voor de bouw van een woning op de oude locatie. De familie Goodall, die het gebouw in de jaren 1930 nog steeds bezat, opende in dat decennium de eerste “Heksenstad”-attractie van Salem. Zij bouwden een gevangenis na en vroegen entree voor een bezoek aan de “Old Witch Jail and Dungeon.”
In het midden van de jaren vijftig sloopte de New England Telephone Company het gebouw om plaats te maken voor hun nieuwe kantoorgebouw aan Federal Street 10. Er was weinig verontwaardiging over het verlies van de historische plek. De oude attractie verhuisde naar een gebouw aan Lynde Street, dat oorspronkelijk was gebouwd als kapel voor de East Church en vervolgens, van 1908 tot 1980, de thuisbasis was van Salem’s Christian Science Church. De attractie, die in 1980 werd geopend, is vandaag de dag nog steeds actief als het Witch Dungeon Museum. Tijdens de opgravingen voor het nieuwe telefoongebouw aan Federal Street werden balken van de oude gevangenis ontdekt. Tegenwoordig is er een te zien in het Salem Witch Museum, een in het Witch Dungeon Museum en een in de collectie van het Peabody Essex Museum.