Er wordt een algemeen overzicht gepresenteerd van de veranderingen in de genetische expressie langs een tijdscurve gedurende de eerste 20 min na aanzuring tot pH 4,5 van exponentieel groeiende culturen van de voedselpathogene stam Staphylococcus aureus 50583. Een nieuw ontwikkelde methode voor statistische significantie testen werd gebruikt om significante genexpressie reacties te detecteren. De meeste responsen vertoonden een toe- of afname van tijd nul tot 10 min na aanzuring, en daarna in het algemeen een stabilisatie in expressieniveau van 10 tot 20 min. Verhoogde urease activiteit bleek een belangrijke factor te zijn in de zuurverdediging, samen met protonuitscheiding door NADH dehydrogenase en macromolecuul herstelmechanismen. Oxidatieve-stress reacties, zoals verhoogde expressie van thioredoxine genen en upregulatie van pentose fosfaat pathway genen om meer reducerend vermogen te genereren, werden ook geïnduceerd. Een algemene vermindering van de expressie van genen die coderen voor ribosomale proteïnen en genen die betrokken zijn bij de synthese van nucleotiden, alsook bij het metabolisme van vetzuren en lipoproteïnen, weerspiegelde de verlaagde groeisnelheid na de verzuring. De pH schok bleek geen belangrijke virulentiereacties of biofilmvorming uit te lokken. De regulatie en het transport van metaalionen werden beïnvloed door de zure schok, en de productie van verschillende cofactoren zoals molybdopterine werd verhoogd. Veel van de waarnemingen konden worden verklaard, terwijl sommige nog onbekende mechanismen vertegenwoordigen. De regulatiepatronen werden bevestigd door kwantitatieve reverse transcriptase PCR (QRT-PCR). Samen toonden deze resultaten de belangrijkste responsen van S. aureus en zullen een goed uitgangspunt vormen voor toekomstige, meer specifieke, diepgaande studies van specifieke genresponsen die optreden in samenhang met de zuurstress afweer van S. aureus.