About 3D-NuS
3D-NuS (3-Dimensional Nucleic Acid Structures) jest serwerem internetowym służącym do modelowania i wizualizacji trójwymiarowych struktur prawoskrętnych i) wewnątrz/wewnątrzcząsteczkowych dupleksów DNA/RNA z niekanonicznymi parami zasad wraz z ich chimerycznymi formami & ii) hybrydowych dupleksów RNA-DNA, iii) lewoskrętne dupleksy Z-DNA/Z-RNA, iv) tripleksy i vi) wewnątrz- i wewnątrzcząsteczkowe G-kwadrupleksy w sposób zautomatyzowany. Generuje on również zespół konformacji odpowiadających modelowanej strukturze.
3D-NuS buduje dupleksy DNA i RNA zawierające wszystkie możliwe kombinacje niedopasowań wraz z kanonicznymi parami zasad w sposób zautomatyzowany. 3D-NuS daje możliwość konstruowania różnych form tripleksów i kwadrupleksów dla różnych typów kombinacji nici RNA/DNA wraz z różnymi orientacjami nici. Obecnie, 3D-NuS może generować zminimalizowane energetycznie modele 80 różnych typów tripleksów, 58 typów wewnątrz/wewnątrzcząsteczkowych kwadrupleksów, modele Z DNA/RNA i chimery DNA/RNA wraz z różnymi niedopasowanymi dupleksami DNA lub RNA oraz hybrydowymi dupleksami RNA-DNA dla dowolnej sekwencji i długości zdefiniowanej przez użytkownika. Są one dokładniej opisane w dokumentacji i na odpowiedniej stronie poświęconej modelowaniu molekularnemu.
