Metody wychwytywania konformacji chromosomów (3C) mierzą częstotliwości kontaktu DNA w oparciu o jądrową ligację zbliżeniową, w celu odkrycia wzorów składania genomu in vivo. 4C-seq jest pochodną metody 3C, zaprojektowaną do przeszukiwania genomu w poszukiwaniu sekwencji kontaktujących się z wybranym miejscem genomowym będącym przedmiotem zainteresowania. 4C-seq wykorzystuje odwróconą PCR i sekwencjonowanie następnej generacji do amplifikacji, identyfikacji i kwantyfikacji fragmentów DNA, które uległy ligacji. Generuje profile kontaktowe o wysokiej rozdzielczości dla wybranych miejsc genomowych w oparciu o ograniczoną ilość odczytów sekwencjonowania. 4C-seq może być wykorzystana do badania wielu aspektów organizacji genomu. Przede wszystkim służy do identyfikacji specyficznych kontaktów DNA dalekiego zasięgu pomiędzy poszczególnymi regulatorowymi modułami DNA, tworzącymi np. regulatorowe pętle chromatynowe pomiędzy enhancerami i promotorami lub architektoniczne pętle chromatynowe pomiędzy granicami domen związanych z kohezyną i CTCF. Dodatkowo, profile kontaktowe 4C-seq mogą ujawnić kontury domen kontaktowych i zidentyfikować domeny strukturalne, które współzajmują ten sam przedział jądrowy. Tutaj przedstawiamy ulepszony protokół przygotowania próbek i generowania bibliotek sekwencjonowania 4C-seq, zawierający zoptymalizowaną strategię PCR i oczyszczania szablonów 4C. Ponadto, dostarczono potok przetwarzania danych, który przetwarza multipleksowane odczyty 4C-seq bezpośrednio z plików FASTQ i generuje pliki kompatybilne ze standardowymi przeglądarkami genomowymi do wizualizacji i dalszej analizy statystycznej danych, takich jak wywoływanie pików przy użyciu peakC. Przedstawione protokoły i potok powinny w łatwy sposób umożliwić każdemu wygenerowanie, wizualizację i interpretację własnych zestawów danych kontaktowych 4C o wysokiej rozdzielczości.