Sporne jest, jak należy zaklasyfikować Dziennik. Początkowo był on przedstawiany i czytany jako dzieło non-fiction, ale w latach osiemdziesiątych XVII wieku zaakceptowano jego fikcyjny status. Trwała dyskusja, czy Defoe może być uznany za autora dzieła, a nie tylko za jego redaktora. Edward Wedlake Brayley napisał w 1835 roku, że Dziennik jest „zdecydowanie, nie jest fikcją, nie jest oparty na fikcji … wielką niesprawiedliwością dla pamięci jest przedstawianie go w ten sposób”. Brayley zadaje sobie trud, by porównać relację Defoe ze znanymi relacjami bona fide, takimi jak Loimologia dr Nathaniela Hodgesa (1672), pamiętnik Samuela Pepysa i God’s Terrible Voice in the City by Plague and Fire Thomasa Vincenta (1667), a także ze źródłami pierwotnymi. Takiego zdania był również Watson Nicholson – pisząc w 1919 roku – który twierdził, że „nie ma ani jednego stwierdzenia w Dzienniku, odnoszącego się do historii Wielkiej Dżumy w Londynie, które nie zostałoby zweryfikowane”, a zatem praca ta może być uznana za „autentyczną historię”. Jest to, według Nicholsona, „wierny zapis faktów historycznych (…) taki był zamiar jego autora”. Przynajmniej jeden współczesny krytyk literacki, Frank Bastian, zgodził się, że „zmyślone szczegóły są … małe i nieistotne” i że Dziennik „stoi bliżej naszej idei historii niż fikcji”, i że „wszelkie wątpliwości, które pozostają, czy oznaczyć go jako „fikcję” czy „historię”, wynikają z dwuznaczności tkwiącej w tych słowach.”
Inni krytycy literaccy twierdzili, że dzieło powinno być traktowane jako dzieło fikcji wyobrażeniowej, a zatem może być słusznie określone jako „powieść historyczna”. Takiego zdania był Everett Zimmerman, który napisał, że „to intensywność skupienia na narratorze sprawia, że A Journal of the Plague Year jest bardziej jak powieść niż jak … historia.” Rzeczywiście, użycie przez Defoe narratora „H.F.”, i jego początkowa prezentacja Dziennika jako wspomnienia naocznego świadka zarazy, jest głównym punktem spornym dla krytyków, którzy uważają, że jest to bardziej „romans” – „jedna z osobliwej klasy kompozycji, która unosi się między romansem a historią”, jak to zostało opisane przez Sir Waltera Scotta – niż relacja historyczna. Walter George Bell, historyk dżumy, zauważył, że Defoe nie powinien być uważany za historyka, ponieważ używa swoich źródeł bezkrytycznie.
Nieco dwuznaczny pogląd Scotta na naturę Dziennika był podzielany przez pierwszego głównego biografa Defoe, Waltera Wilsona, który napisał w Memoir of the Life and Times of Daniel De Foe (1830) o tym, że ” udało mu się wymieszać tak wiele, co jest autentyczne z fabrykacjami jego własnego mózgu, że niemożliwe jest odróżnienie jednego od drugiego; i nadał całości takie podobieństwo do przerażającego oryginału, aby zdezorientować sceptyka i otoczyć go swoimi czarami.” W ujęciu Wilsona dzieło jest „sojuszem między historią a fikcją”, w którym jedno nieustannie przekształca się w drugie i z powrotem. Pogląd ten podziela John Richetti, który nazywa Dziennik rodzajem „pseudohistorii”, „grubo faktograficznej, nawet rażąco prawdziwej książki”, w której „wyobraźnia (…) rozbłyskuje od czasu do czasu i dominuje nad faktami.”
Te alternatywne konceptualizacje Dziennika – jako fikcji, historii lub historii-fikcji – nadal istnieją.
.