Zaangażowanie polityczne
Abigail pozostała wspierającą małżonką i powierniczką po tym, jak jej mąż został prezydentem w 1797 roku. Niektórzy krytycy sprzeciwiali się wpływowi Abigail na jej męża, nazywając ją „panią prezydentową”. Druga pierwsza dama narodu miała bardzo napięty grafik, gdy przebywała w Filadelfii, ówczesnej stolicy kraju. Abigail wstawała wcześnie, by zająć się sprawami rodzinnymi i domowymi, a resztę dnia spędzała na przyjmowaniu gości i organizowaniu imprez. Ze względu na stan zdrowia wciąż spędzała dużo czasu z powrotem w Massachusetts.
Abigail i John nie zawsze zgadzali się w sprawach polityki. Podczas prezydentury jej męża, Stany Zjednoczone miały pewne problemy z Francją. Kiedyś wielki sojusznik, Francja była w środku rewolucji, kiedy John został prezydentem. Kraj był rządzony przez pięcioosobową grupę wykonawczą znaną jako Dyrektoriat oraz ciało ustawodawcze. Dyrektoriat wstrzymał handel ze Stanami Zjednoczonymi i odmówił spotkania z jakimkolwiek wysłannikiem USA. W 1798 roku prezydent Adams dowiedział się, że francuscy urzędnicy będą prowadzić rozmowy w zamian za znaczne łapówki. Ta próba wymuszenia nie spodobała mu się i opowiedział o tym incydencie w Kongresie. Dokumenty związane z tym incydentem zostały opublikowane, a cała sytuacja stała się znana jako Afera X, Y, Z, ponieważ prezydent Adams używał tylko liter do identyfikacji francuskich urzędników zamiast ich nazwisk. Abigail uważała, że należy wypowiedzieć wojnę, podczas gdy John szukał pokojowego, mniej kosztownego rozwiązania.
Para zgodziła się jednak na Alien and Sedition Acts z 1798 roku. Trzy ustawy o cudzoziemcach były wymierzone w imigrantów, zwiększając okres oczekiwania na naturalizację, pozwalając rządowi na zatrzymanie obcych podmiotów i umożliwiając deportację każdego cudzoziemca uznanego za niebezpiecznego. Sedition Act federalizował zakaz wydawania złośliwych pism antyrządowych i innych dzieł nawołujących do sprzeciwu wobec Kongresu lub prezydenta. Zgodnie z tą ustawą, kary obejmowały grzywny i więzienie. Abigail, zagorzała obrończyni swego męża, uważała, że ci, którzy publikowali kłamstwa na temat Johna, powinni być karani. Prezydent Adams podpisał te ustawy i od tego czasu historycy ganili go za to antyimigranckie i antywolnościowe ustawodawstwo.