Skaningowa mikroskopia elektronowa (SEM) została wykonana na zeskrobinach z jamy ustnej od siedmiu pacjentów z pęcherzycą zwykłą i jednego z pęcherzycą wegetatywną, jak również na próbkach skóry od jednego z tych z pęcherzycą zwykłą. Niebarwione, utrwalone, wysuszone w punkcie krytycznym komórki identyfikowano za pomocą mikroskopu świetlnego. Na podstawie wyglądu powierzchni wyróżniono trzy główne typy komórek akantolitycznych: o gładkiej powierzchni, pomarszczone i mikroskopijne. Komórki akantolityczne były zaokrąglone do owalnych, a niektóre wykazywały centralne wybrzuszenie lub wklęsłość. Na większości powierzchni komórek zaobserwowano małe, zaokrąglone do owalnych otwory lub wgłębienia (średnica 0,1-0,3 mumola). Powierzchnie komórek akantolitycznych były sporadycznie zajęte przez kilka mikroorganizmów. Rozety neutrofilów z leukocytów wielojądrzastych i komórek akantolitycznych badano metodą SEM. Nie wykazano szczeliny pomiędzy komórką akantolityczną a otaczającymi ją leukocytami. Postuluje się, że neutrofile mogą pośredniczyć w cytolizie komórek akantolitycznych pokrytych przeciwciałami. Skrawki jamy ustnej od jednego pacjenta z pęcherzycą zwykłą zostały pobrane do badań w transmisyjnej mikroskopii elektronowej (TEM). Komórki akantolityczne były okrągłe lub owalne i zazwyczaj miały centralnie umieszczone jądra. Tonofilamenty były rozmieszczone losowo lub koncentrycznie wokół jądra. W innych komórkach akantolitycznych wokół jądra znajdowała się aureola zawierająca pęcherzyki o różnej wielkości. Wyniki TEM sugerują, że komórki akantolityczne reprezentują martwe lub umierające komórki. Zarówno wyniki TEM, jak i SEM sugerują, że kiedy komórki akantolityczne po raz pierwszy się oddzielają, mogą wykazywać zmienną liczbę mikrofilmów, które są prawdopodobnie utracone w starszych komórkach akantolitycznych.