Acariformes można podzielić na dwa główne klady – Sarcoptiformes i Trombidiformes. Ponadto dawniej za odrębną uznawano także parafiletyczną grupę zawierającą prymitywne formy, Endeostigmata. Ta ostatnia składa się z zaledwie 10 rodzin mało zbadanych, miniaturowych, miękko zbudowanych roztoczy, które odżywiają się pokarmem stałym, takim jak grzyby, glony i miękko zbudowane bezkręgowce, takie jak nicienie, wrotki i tardigrady. Klady te były dawniej uważane za podrzędy, ale nie pozwala to na wystarczająco precyzyjną klasyfikację roztoczy i jest zniesione w bardziej nowoczesnych ujęciach; Endeostigmata są różnie uważane za tworzące samodzielny podrząd (stary pogląd) lub są włączane głównie do Sarcoptiformes, co czyni obie grupy monofiletycznymi.
Inną często wymienianą grupą jest Actinedida, ale w opracowaniach takich jak obecne, jest ona dzielona między Sarcoptiformes (a wcześniej oddzielne Endeostigmata) i Trombidiformes (która zawiera większość „Actinedida”), ponieważ wydaje się być masywnie parafiletycznym „taksonem śmietnikowym”, łączącym wszystkie Acariformes, które nie są „typowymi” Oribatida i Astigmatina. Trombidiformes przedstawiają swoje własne problemy. Mała grupa Sphaerolichida wydaje się być najbardziej starożytną linią wśród nich. Natomiast Prostigmata są różnie dzielone na Anystina i Eleutherengona oraz Eupodina. Rozgraniczenie i wzajemne powiązania tych grup są całkowicie niejasne; podczas gdy większość analiz uznaje jedną z tych dwóch ostatnich, ale nie drugą, za podgrupę Anystina; żadna z tych wzajemnie sprzecznych hipotez nie jest bardzo solidna; być może jest to zwykły błąd, ponieważ oprogramowanie filogenetyczne zwykle nie radzi sobie z filogenezami niedychotomicznymi. W związku z tym, być może na razie najlepiej będzie uznać każdą z trzech głównych linii prostigmatanów za równie odrębną od dwóch pozostałych.