Protopopow został wybrany w 1907 roku jako członek centralistycznej Partii Oktobrystów jako delegat zarówno do III jak i IV Dumy. W 1912, Protopopov zostać wybrany Marszałek Szlachta Karsunsky Uyezd. W 1916 roku został wybrany na marszałka guberni simbirskiej, a także został przewodniczącym Rady Przemysłu Metalurgicznego, kontrolowanej przez banki zależne od niemieckich syndykatów.
W listopadzie 1913 roku lub w maju 1914 roku Protopopow został mianowany wiceprzewodniczącym Dumy Imperialnej pod kierownictwem Michaiła Rodzianko, pełniąc funkcję wicemarszałka od 1914 do 1916 roku. Protopopow założył gazetę „Russkaja Wola” („Wola Rosji”), finansowaną przez banki i mianował dziennikarzami Nikołaja Gredeskula i Aleksandra Amfiteatrowa. Według Josepha T. Fuhrmanna, Protopopow był hospitalizowany od końca 1915 roku przez sześć pełnych miesięcy w klinice Piotra Badmajewa. Wiosną 1916 roku, na prośbę Rodzianki, Protopopow stanął na czele delegacji deputowanych Dumy z Pawłem Miliukowem w celu wzmocnienia więzi z mocarstwami Ententy, zachodnimi sojusznikami Rosji w I wojnie światowej. Protopopopow spotkał się z niemieckim przemysłowcem i politykiem Hugo Stinnesem, bankierem Fritzem M. Warburgiem i szwedzkim ministrem spraw zagranicznych Knutem Wallenbergiem. Po powrocie z Francji i Wielkiej Brytanii Protopopow spotkał się z gwałtownie wrogim przyjęciem ze strony pro-brytyjskich liberałów rosyjskich i w obronie własnej twierdził, że inicjatorem rozmów był Warburg. Tajne kontakty Protopopowa w sprawie pokoju i wymiany między Rosją a Niemcami stały się skandalem, co według „The New York Times” świadczyło o zbliżeniu między rządami Rosji i Niemiec. Protopopow był powszechnie podejrzewany o kontakty z niemieckim dyplomatą Hellmuthem Luciusem von Stoedtenem. W 1925 r. nazistowski dziennikarz Theodor Fritsch ponownie napisał tę historię, twierdząc, że Warburg zniszczył cesarskie Niemcy, wsparł sprawę komunistyczną i zmienił cały bieg historii Europy.)
Minister spraw wewnętrznychEdit
Aleksander Protopopow i dwóch pomocników, wrzesień 1916
20 lipca 1916 roku Protopopow spotkał się oficjalnie z carem Mikołajem II, który opisał go jako „człowieka, którego bardzo lubię”. Aleksander Kerensky opisał go jako „przystojnego, eleganckiego, urzekającego …. umiarkowanie liberalnego i zawsze miłego”. Cesarzowa Aleksandra wielokrotnie namawiała męża, by mianował Protopopowa ministrem spraw wewnętrznych, gdyż umieszczenie wiceprzewodniczącego Dumy na kluczowym stanowisku mogłoby poprawić stosunki między Dumą a monarchią. Mikołaj, choć był pod wrażeniem uroku Protopopowa, początkowo miał wątpliwości, czy nadaje się on na stanowisko, które obejmowało odpowiedzialność za policję i dostawy żywności w czasach niestabilności i niedoborów. Protopopow nie miał doświadczenia biurokratycznego i niewiele wiedział o policji. Jednak car zatwierdził jego nominację na kierownika Ministerstwa Spraw Wewnętrznych między 16 a 20 września 1916 roku. Według Richarda Pipesa, Protopopow otrzymał carte blanche na rządzenie krajem. Protopopow, choć wcześniej uważany za dość liberalnego, postrzegał swoją nową rolę jako służącą zachowaniu carskiej autokracji. Wobec nieobecności cara w siedzibie Stavki, rząd Rosji wydawał się być zarządzany jako rodzaj osobistej troski pomiędzy cesarzową, Grigorijem Rasputinem i Protopopowem, z pomocniczą asystą Anny Vyrubovej. Protopopow kontynuował reakcyjną politykę swojego poprzednika, Borysa Stürmera, przy wsparciu cesarzowej.
Aleksander Trepow, nowy premier, poinformował Protopopowa, że chciałby, aby ten zrezygnował ze stanowiska w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych i objął stanowisko w Ministerstwie Handlu, ale Protopopow odmówił. W listopadzie 1916 roku Tierpow postawił Protopopowowi warunek dymisji jako niezbędny do przyjęcia przez niego przewodnictwa Rady. Cesarzowa, która nie lubiła Trepowa, próbowała zatrzymać Protopopowa na jego wpływowym stanowisku w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych. 14 listopada 1916 roku (O.S.) Tropow udał się na Stawkę, aby spotkać się z carem w sprawie narastającego kryzysu spowodowanego I wojną światową, ale już następnego dnia zagroził dymisją. 17 listopada Nikołaj Pokrowski został mianowany ministrem spraw zagranicznych, ale czterokrotnie ogłaszał swoją rezygnację z powodu nieporozumień z Protopopowem. Pokrowski popierał przyciągnięcie amerykańskiego kapitału finansowego do gospodarki rosyjskiej. 7 grudnia gabinet zażądał, by Protopopow udał się do cara i podał się do dymisji, ale na prośbę carycy został mianowany ministrem. W grudniu 1916 roku Protopopow zabronił zemstom spotykać się bez obecności agentów policji. „Protopopow uważał, że organizacja ta jest zdominowana przez rewolucyjny personel najemny i że żądania opozycjonistów dotyczące roli w sprawach zaopatrzenia w żywność mają na celu realizację celów politycznych, a nie praktycznych. Kiedy problemy z zaopatrzeniem okazały się poza możliwościami Protopopowa do zarządzania, zniósł on wymagania rejestracyjne dla żydowskich mieszkańców Moskwy i innych miast.
Protopopow był często leczony przez Petera Badmayeva, lekarza znachora bliskiego rosyjskiej rodzinie cesarskiej.
.