Witamy!
|
|
Garrett M. Morris David S. Goodsell Ruth Huey William Lindstrom William E. Hart Scott Kurowski Scott Halliday Rik Belew Arthur J. Olson |
Co to jest AutoDock?
AutoDock to pakiet zautomatyzowanych narzędzi do dokowania. Jest przeznaczony do przewidywania, w jaki sposób małe cząsteczki, takie jak substraty lub kandydaci na leki, wiążą się z receptorem o znanej strukturze 3D.
Obecne dystrybucje AutoDock składają się z dwóch generacji oprogramowania: AutoDock 4 i AutoDock Vina.
AutoDock 4 składa się właściwie z dwóch głównych programów: autodock wykonuje dokowanie liganda do zestawu siatek opisujących docelowe białko; autogrid wstępnie oblicza te siatki.
Oprócz wykorzystania ich do dokowania, siatki powinowactwa atomowego mogą być wizualizowane. Może to pomóc, na przykład, chemikom zajmującym się syntezą organiczną zaprojektować lepsze wiązania.
AutoDock Vina nie wymaga wybierania typów atomów i wstępnego obliczania dla nich map siatek. Zamiast tego, oblicza siatki wewnętrznie, dla typów atomów, które są potrzebne, i robi to praktycznie natychmiast.
Opracowaliśmy również graficzny interfejs użytkownika zwany AutoDockTools, w skrócie ADT, który między innymi pomaga ustawić, które wiązania będą traktowane jako rotacyjne w ligandzie i analizować dokowania.
AutoDock ma zastosowania w:
|
 |
AutoDock 4 jest darmowy i dostępny na licencji GNU General Public License. AutoDock Vina jest dostępny na licencji Apache, pozwalającej na komercyjne i niekomercyjne wykorzystanie i redystrybucję. Kliknij na zakładkę „Downloads”. I szczęśliwego dokowania!
Czym jest AutoDock Vina?
AutoDock Vina to nowa generacja oprogramowania do dokowania z Molecular Graphics Lab. Osiąga znaczącą poprawę średniej dokładności przewidywań trybu wiązania, będąc jednocześnie do dwóch rzędów wielkości szybszym niż AutoDock 4.1
Ponieważ funkcje punktacji używane przez AutoDock 4 i AutoDock Vina są różne i niedokładne, dla każdego problemu, każdy z tych programów może dać lepszy wynik.
Szczegółowe informacje można znaleźć na stronie internetowej AutoDock Vina.
Co nowego?
1 czerwca 2009
AutoDock 4.2 jest szybszy niż wcześniejsze wersje i pozwala na elastyczność łańcuchów bocznych w makrocząsteczce. Tak jak poprzednio, dokowanie sztywne jest oślepiająco szybkie, a wysokiej jakości dokowanie elastyczne można wykonać w około minutę. W ciągu jednego dnia na jednym procesorze można wykonać do 40 000 sztywnych dokowań.
AutoDock 4.2 posiada teraz funkcję oceny energii swobodnej, która opiera się na analizie regresji liniowej, polu siłowym AMBER i jeszcze większym zestawie różnorodnych kompleksów białko-ligand ze znanymi stałymi inhibicji, niż to miało miejsce w AutoDock 3.0. Najlepszy model poddano walidacji krzyżowej z osobnym zestawem kompleksów proteazy HIV-1 i potwierdzono, że błąd standardowy wynosi około 2,5 kcal/mol. Jest to wystarczająca wartość do rozróżnienia leadów o milli-, mikro- i nano-molarnych stałych inhibicji.
Więcej o nowych funkcjach w AutoDock 4.2 oraz o tym, jak z nich korzystać, można przeczytać w AutoDock4.2 User Guide.
AutoDock 4 is Free Software
May 7, 2007
Wprowadzenie AutoDock 4 obejmuje trzy główne ulepszenia:
- Wyniki dokowania są dokładniejsze i bardziej wiarygodne.
- Może opcjonalnie modelować elastyczność w docelowej makrocząsteczce.
- Umożliwia zastosowanie AutoDock w ocenie interakcji białko-białko.
AutoDock 4.0 nie tylko jest szybszy niż wcześniejsze wersje, ale pozwala na elastyczność łańcuchów bocznych w makrocząsteczce. Tak jak poprzednio, dokowanie sztywne jest oślepiająco szybkie, a wysokiej jakości dokowanie elastyczne można wykonać w około minutę. W ciągu jednego dnia na jednym procesorze można wykonać do 40 000 sztywnych dokowań.
AutoDock 4.0 posiada teraz funkcję punktacji energii swobodnej, która opiera się na analizie regresji liniowej, polu siłowym AMBER i jeszcze większym zestawie różnorodnych kompleksów białko-ligand ze znanymi stałymi inhibitonowymi, niż to miało miejsce w AutoDock 3.0. Najlepszy model poddano walidacji krzyżowej z osobnym zestawem kompleksów proteazy HIV-1 i potwierdzono, że błąd standardowy wynosi około 2,5 kcal/mol. Jest to wystarczająca wartość do rozróżnienia związków o stałych inhibicji rzędu mili-, mikro- i nano-molarów.
Więcej szczegółów na temat nowych funkcji można przeczytać w Podręczniku użytkownika AutoDock4.2.
AutoDock 4.0 może być skompilowany tak, aby wykorzystać nowe metody wyszukiwania z biblioteki optymalizacyjnej ACRO, opracowanej przez Williama E. Harta w Sandia National Labs. Dodaliśmy również kilka nowych funkcji do naszych istniejących metod ewolucyjnych. Nadal oferujemy metodę symulowanego wyżarzania Monte Carlo (SA) z wersji 2.4 i wcześniejszych. Algorytm Lamarckian Genetic Algorithm (LGA) jest dużym ulepszeniem algorytmu genetycznego, a obie metody genetyczne są znacznie bardziej wydajne i wytrzymałe niż SA.
Lista mailingowa i forum
Utworzyliśmy listę mailingową i forum dla użytkowników AutoDock. Tutaj jest więcej informacji o liście AutoDock List (ADL). URL dla forum to http://mgl.scripps.edu/forum.
Czym jest AutoDockTools (ADT)?
Opracowaliśmy i wciąż ulepszamy naszą graficzną nakładkę na AutoDock i AutoGrid, ADT (AutoDockTools). Działa on na systemach Linux, Mac OS X, SGI IRIX i Microsoft Windows. Mamy też nowe samouczki, wraz z towarzyszącymi im przykładowymi plikami.
Gdzie jest używany AutoDock?
AutoDock trafił już do ponad 29000 użytkowników na całym świecie. Jest on używany w środowiskach akademickich, rządowych, non-profit i komercyjnych. W styczniu 2011 roku, wyszukiwanie w ISI Citation Index wykazało, że ponad 2700 publikacji cytowało podstawowe metody AutoDock.
AutoDock jest obecnie rozprowadzany na licencji GPL open source i jest swobodnie dostępny dla wszystkich do użytku. Ze względu na ograniczenia dotyczące włączania oprogramowania na licencji GPL do innych kodów w celu redystrybucji, niektóre firmy mogą chcieć licencjonować AutoDock na podstawie oddzielnej umowy licencyjnej – co możemy zorganizować. W celu uzyskania dalszych informacji prosimy o kontakt z Prof. Arthur J. Olson pod numerem + 1 (858) 784-2526.
Dlaczego warto używać AutoDock?
AutoDock jest szeroko stosowany i w literaturze można znaleźć wiele przykładów jego udanych zastosowań (patrz Referencje); w 2006 roku AutoDock był najczęściej cytowanym oprogramowaniem do dokowania. Jest bardzo szybki, zapewnia wysoką jakość przewidywań konformacji ligandów i dobre korelacje pomiędzy przewidywanymi stałymi inhibicji i eksperymentalnymi. AutoDock okazał się również przydatny w ślepym dokowaniu, gdzie lokalizacja miejsca wiązania nie jest znana. Ponadto AutoDock jest darmowym oprogramowaniem, a wersja 4 jest rozprowadzana na zasadach Powszechnej Licencji Publicznej GNU; jest również łatwa do uzyskania.
Run Your AutoDock Research Project on World Community Grid!
Czy Twoje badania są prowadzone na AutoDock? Jeśli tak, możesz skorzystać z darmowej mocy obliczeniowej World Community Grid, aby przyspieszyć swoje badania. AutoDock został już „grid-enabled” przez zespół techniczny World Community Grid i jest uruchomiony na World Community Grid z następującymi projektami:
- Projekt FightAIDS@Home z The Scripps Research Institute.
- Discover Dengue Drugs – Together projekt z The University of Texas Medical Branch.
- Help Fight Childhood Cancer
- Influenza Antiviral Drug Search
- GO Fight Against Malaria
Proszę przejrzeć kryteria projektów badawczych World Community Grid i skontaktować się z World Community Grid, jeśli mają Państwo pomysł na propozycję projektu lub jakiekolwiek pytania.
.