ATPazy AAA+ są enzymami zawierającymi domenę NTPazową z pętlą P i funkcjonują jako chaperony molekularne, podjednostki ATPazowe proteaz, helikaz lub ATPaz stymulowanych kwasami nukleinowymi. Porównano wszystkie dostępne sekwencje i struktury domen białkowych AAA+ w celu zidentyfikowania ostatecznych cech sekwencji i struktury tych domen oraz wnioskowania o głównych wydarzeniach w ich ewolucji. Ewolucyjna klasyfikacja klasy AAA+ została opracowana przy użyciu standardowych metod filogenetycznych, analizy wspólnych sekwencji i sygnatur strukturalnych oraz grupowania opartego na podobieństwie. W wyniku tej analizy zidentyfikowano 26 głównych rodzin w obrębie klasy ATPaz AAA+. Opisano również pozycję ATPaz AAA+ w stosunku do klas RecA/F1, superrodzin helikaz I/II, PilT i ABC NTPaz z pętlą P. Wydaje się, że klasa AAA+ uległa wczesnemu podziałowi na klady clamp-loader, DnaA/Orc/Cdc6, klasyczne AAA i „pre-sensor 1 beta-hairpin” (PS1BH). W obrębie kladu PS1BH, chelatazy, MoxR, YifB, McrB, Dynein-midasin, NtrC i MCMs tworzą monofiletyczny zespół zdefiniowany przez odrębną wstawkę w helisie-2 konserwowanego rdzenia ATPazy oraz dodatkowy segment helikalny pomiędzy rdzeniową domeną ATPazy a C-końcową wiązką alfa-helikalną. Co najmniej 6 różnych białek AAA+, reprezentuj±cych różne główne klady, jest identyfikowalnych z ostatnim wspólnym przodkiem (LUCA) istniej±cego życia komórkowego. Dodatkowo, helikazy superrodziny III, należące do kladu PS1BH, były prawdopodobnie obecne na tym etapie w wirusopodobnych, „samolubnych” replikonach. Następna wielka radiacja, u podstaw dwóch królestw prokariotycznych, bakterii i archaidów, dała początek kilku odrębnym chaperonom, podjednostkom ATPazowym proteaz, helikazom DNA i czynnikom transkrypcyjnym. Trzecia duża radiacja, na początku ewolucji eukariotycznej, przyczyniła się do powstania kilku specyficznych dla eukariotów adaptacji związanych z funkcjami jądrowymi i cytoszkieletowymi. Przedstawione tu nowe relacje i wcześniej niewykryte domeny mogą dostarczyć nowych wskazówek do badania biologii ATPaz AAA+.