Inicjacja aborcyjna jest normalnym procesem transkrypcji i występuje zarówno in vitro, jak i in vivo. Po każdym etapie dodawania nukleotydów w początkowej transkrypcji, polimeraza RNA, stochastycznie, może postępować na drodze w kierunku ucieczki z promotora (inicjacja produktywna) lub może uwolnić produkt RNA i powrócić do otwartego kompleksu polimeraza RNA-promoter (inicjacja poronna). Podczas tego wczesnego etapu transkrypcji polimeraza RNA wchodzi w fazę, w której dysocjacja kompleksu transkrypcyjnego energetycznie konkuruje z procesem elongacji. Abortywne cyklizowanie nie jest spowodowane silnym wiązaniem między kompleksem inicjacyjnym a promotorem.
DNA scrunchingEdit
Przez wiele lat mechanizm, dzięki któremu polimeraza RNA porusza się wzdłuż nici DNA podczas przerwania inicjacji, pozostawał nieuchwytny. Zaobserwowano, że polimeraza RNA nie ucieka od promotora podczas inicjacji transkrypcji, więc nie było wiadomo, w jaki sposób enzym może odczytać nić DNA, aby dokonać transkrypcji bez przemieszczania się w dół łańcucha. W ciągu ostatniej dekady badania ujawniły, że poroniona inicjacja obejmuje scrunching DNA, w którym polimeraza RNA pozostaje nieruchoma, podczas gdy odwija i wciąga dalszy odcinek DNA do kompleksu transkrypcyjnego, aby przepuścić nukleotydy przez miejsce aktywne polimerazy, tym samym transkrybując DNA bez przemieszczania się. Powoduje to gromadzenie się odwijanego DNA w obrębie enzymu, stąd nazwa „scrunching” DNA. W inicjacji poronnej, polimeraza RNA ponownie nawija i wyrzuca dolną część odwijanego DNA, uwalniając RNA i powracając do otwartego kompleksu polimeraza RNA-promotor; w przeciwieństwie do tego, w inicjacji produktywnej, polimeraza RNA ponownie nawija i wyrzuca górną część odwijanego DNA, przerywając interakcje polimeraza RNA-promotor, uciekając z promotora i tworząc kompleks wydłużania transkrypcji.
Praca z 2006 roku, która wykazała zaangażowanie scrunching DNA w początkowej transkrypcji, zaproponowała pomysł, że stres poniesiony podczas scrunching DNA zapewnia siłę napędową zarówno dla przerwania inicjacji, jak i produktywnej inicjacji. Towarzysząca praca opublikowana w tym samym roku potwierdziła, że wykrywalne scrunching DNA występuje w 80% cykli transkrypcyjnych, a w rzeczywistości szacuje się, że jest to 100%, biorąc pod uwagę ograniczenie zdolności do wykrywania szybkich scrunchingów (20% scrunchingów ma czas trwania krótszy niż 1 sekunda).
Praca z 2016 r. wykazała, że scrunching DNA występuje również przed syntezą RNA podczas wyboru miejsca startu transkrypcji.
.