Zawartość cukrów i kwasów organicznych jest głównym czynnikiem wpływającym na smak owoców pomidora i jest ważną cechą hodowlaną. Tutaj przedstawiamy ulepszony protokół do dokładnego oznaczania ilościowego głównych cukrów, glukozy i fruktozy, oraz kwasów organicznych, kwasu cytrynowego i jabłkowego, obecnych w pomidorze. Do ekstraktu pomidora dodawana jest laktoza i kwas trikarbalilowy jako wzorce wewnętrzne, a następnie jest on ładowany na kolumnę do ekstrakcji do fazy stałej NH2 (SPE). Cukry pojawiają się w przepływie i są następnie analizowane metodą HPLC przy użyciu kolumny Nucleodur NH2 i detektora współczynnika załamania światła. Kwasy organiczne wiążą się z kolumną SPE i są eluowane za pomocą 400 mM kwasu fosforowego. Do analizy, kwasy organiczne są rozdzielane przez HPLC przy użyciu kolumny Nucleodur C18ec i wykrywane przez absorpcję UV przy 210 nm. Metoda wykazuje doskonałą odtwarzalność między- i śróddzienną dla glukozy, fruktozy i kwasu cytrynowego z odchyleniem standardowym 1-5%. Kwantyfikacja kwasu cytrynowego za pomocą HPLC i GC-MS wykazała doskonałą zgodność z odchyleniem mniejszym niż 3%.