Przedstawiono ogólny przegląd zmian w ekspresji genetycznej wzdłuż krzywej czasu przez pierwsze 20 min po zakwaszeniu do pH 4,5 wykładniczo rosnących kultur patogennego dla żywności szczepu Staphylococcus aureus 50583. Nowo opracowana metoda statystycznego testowania istotności została użyta do wykrycia znaczących odpowiedzi na ekspresję genów. Większość odpowiedzi wykazywała wzrost lub spadek od czasu zerowego do 10 min po zakwaszeniu, a następnie generalnie stabilizację poziomu ekspresji od 10 do 20 min. Zwiększona aktywność ureazy okazała się być ważnym czynnikiem w obronie przed kwasem, wraz z wydalaniem protonów przez dehydrogenazę NADH i mechanizmami naprawy makrocząsteczek. Indukowane były również reakcje na stres oksydacyjny, takie jak zwiększona ekspresja genów tioredoksyny i wzrost ekspresji genów szlaku fosforanu pentozowego w celu wytworzenia większej siły redukującej. Ogólna redukcja ekspresji genów kodujących białka rybosomalne oraz genów zaangażowanych w syntezę nukleotydów, jak również metabolizm kwasów tłuszczowych i lipoprotein, odzwierciedlała obniżone tempo wzrostu po zakwaszeniu. Szok pH nie wywołał poważniejszych reakcji wirulencji ani tworzenia biofilmu. Szok kwasowy wpłynął na regulację i transport jonów metali oraz zwiększył produkcję kilku kofaktorów, takich jak molibdopteryna. Wiele z przedstawionych obserwacji udało się wyjaśnić, podczas gdy niektóre reprezentują wciąż nieznane mechanizmy. Wzorce regulacji zostały potwierdzone przez ilościową PCR (QRT-PCR). Łącznie, wyniki te ukazały główne odpowiedzi S. aureus i będą dobrym punktem wyjścia do przyszłych, bardziej szczegółowych, dogłębnych badań specyficznych odpowiedzi genowych, które występują w powiązaniu z obroną S. aureus przed stresem kwasowym.