W porównaniu z innymi formatami przeciwciał, takimi jak IgG, fragmenty Fab lub scFv, domeny VHH mają wiele unikalnych właściwości i zalet.
Po pierwsze, z tylko trzema pętlami CDR i tendencją do długich sekwencji CDR3, VHH pokrywają inną, ale nakładającą się przestrzeń epitopów w porównaniu z konwencjonalnymi IgG. Ogólnie rzecz biorąc, wydaje się, że istnieje tendencja do wiązania się z natywnymi, nieciągłymi epitopami konformacyjnymi raczej niż z liniowymi epitopami peptydowymi. Wyjątkami są anty-Spot-Tag VHH i anty-Myc VHH firmy ChromoTek, które rozpoznają odpowiednio małe liniowe znaczniki peptydowe.
VHH mogą być wytwarzane w wielu różnych systemach ekspresji, od bakterii przez drożdże do komórek ssaków. Podobnie jak konwencjonalne IgG, można je znakować różnymi barwnikami (fluorescencyjnymi), biotyną lub innymi małymi cząsteczkami. Ponadto, można je kowalencyjnie przyłączać do powierzchni, takich jak kulki agarozy lub inne matryce. Dzięki niewielkiemu rozmiarowi (ok. 12-15 kDa) i strukturze pojedynczego łańcucha, VHH nadają się do zastosowań, w których duży rozmiar konwencjonalnych IgG o czterech łańcuchach peptydowych (150 kDa) jest niekorzystny, takich jak mikroskopia superrozdzielcza, penetracja tkanek lub techniki oparte na FRET i ECL.
Co ważne, domeny VHH doskonale nadają się do generowania przeciwciał bispecyficznych, poprzez fuzję genetyczną lub koniugację z innymi rekombinowanymi przeciwciałami. Ponownie, ich mały rozmiar, wysoka stabilność i dobra zdolność do ekspresji jest korzystna dla generowania dwu- lub nawet wielospecyficznych cząsteczek.
Ponadto, w przeciwieństwie do pełnych IgG, niektóre VHH mogą być genetycznie wyrażane wewnątrzkomórkowo i wiązać się ze swoimi odpowiednimi wewnątrzkomórkowymi białkami docelowymi. Po połączeniu z białkami fluorescencyjnymi, takimi jak GFP lub RFP, te sdAbs mogą być używane do wewnątrzkomórkowej wizualizacji endogennych struktur docelowych in vivo. ChromoTek oferuje wiele takich fuzji VHH-FP, zwanych Chromobodies, np. do wizualizacji in vivo aktyny, PCNA, laminy jądrowej i innych struktur cytoszkieletowych lub jądrowych.
.