Krytycy projektu argumentują, że państwa-beneficjenci powinny poprawić zarządzanie własną wodą, zanim zaczną ją importować spoza regionu. Biskup Luiz Flávio Cappio z Bahia również zastanawia się, dlaczego woda jest eksportowana, skoro 3 mln ubogich żyje wzdłuż biegu rzeki Sao Francisco, a wielu z nich nie ma bieżącej wody i odpowiednich warunków sanitarnych. Argumentuje, że transfer „będzie wymagał ogromnych środków, które można by przeznaczyć na inne projekty, znacznie bliższe rzeczywistości ludzi”. Mówi się również, że projekt przyniesie korzyści głównie bogatszym rolnikom, którzy już posiadają infrastrukturę irygacyjną, a nie rolnikom uprawiającym rośliny deszczowe, których susza dotyka najbardziej. Innym argumentem krytyków jest rzekomy niedobór wody w rzece Sao Francisco w porze suchej i jego wpływ na ekosystemy wodne. Na przykład João Alves Filho, gubernator stanu Sergipe, twierdzi, że w miejscu, gdzie rzeka łączy się z morzem, są już „oznaki śmiertelności”. Marco Antônio Tavares Coelho, prominentny przeciwnik projektu, twierdzi, że „jałowość jest naturalnym stanem sertão” i że jej osuszanie byłoby jak „usuwanie lodu z bieguna północnego”. W 2001 roku Bank Światowy podobno odmówił finansowania projektu ze względu na jego ograniczony wpływ na walkę z ubóstwem i suszą.