Opis
Ścieżka RefSeq Genes pokazuje znane mysie geny kodujące białka i niekodujące białek, pobrane z kolekcji sekwencji referencyjnych NCBI RNA (RefSeq). Dane leżące u podstaw tej ścieżki są aktualizowane co tydzień.
Proszę odwiedzić stronę Feedback for Gene and Reference Sequences (RefSeq) page tomake suggestions, submit additions and corrections, or ask for help concerningRefSeq records.
Więcej informacji na temat różnych ścieżek genów można znaleźć w naszym Genes FAQ.
Display Conventions and Configuration
Ta ścieżka jest zgodna z konwencjami wyświetlania dla ścieżek predykcji genów.Kolor cieniowania wskazuje poziom przeglądu rekordu RefSeq: przewidywany (jasny), tymczasowy (średni), przejrzany (ciemny).
Nazwy elementów i kolory wyświetlania cech w tej ścieżce można skonfigurować za pomocą kontrolek na górze strony opisu ścieżki.
- Etykieta: Domyślnie elementy są etykietowane według nazwy genu. Kliknij odpowiednią opcję etykiety, aby wyświetlić nazwę akcesji zamiast nazwy genu, pokazać zarówno nazwę genu, jak i akcesji, lub całkowicie wyłączyć etykietę.
- Kolorowanie kodonów: Ta ścieżka zawiera opcjonalną funkcję kolorowania kodonów, która umożliwia użytkownikom szybkie sprawdzanie poprawności i porównywanie przewidywań genów.Aby wyświetlić kolory kodonów, wybierz opcję kodonów genomowych z menu rozwijanego Koloruj ścieżkę według kodonów. Aby uzyskać więcej informacji na temat tej funkcji, przejdź do strony Kolorowanie przewidywań genów i adnotacji według kodonów.
- Ukryj geny niekodujące: Domyślnie wyświetlane są zarówno geny kodujące białka, jak i niekodujące białek. Jeśli chcesz zobaczyć tylko geny kodujące, kliknij to pole.
Metody
RefSeq RNA zostały wyrównane do genomu myszy przy użyciu BLAT. Odrzucono te, których wyrównanie wynosiło mniej niż 15%. Gdy pojedyncze RNA dopasowywano w wielu miejscach, identyfikowano dopasowanie o najwyższej identyczności bazowej. Zachowano tylko dopasowania o poziomie identyczności bazowej w granicach 0.1% najlepszego i przynajmniej 96% identyczności bazowej z sekwencją genomową.
Credits
Ta ścieżka została stworzona w UCSC z danych o sekwencjach RNA wygenerowanych przez naukowców z całego świata i kuratorowanych przez projekt NCBIRefSeq.
Kent WJ.BLAT – the BLAST-like alignment tool.Genome Res. 2002 Apr;12(4):656-64.PMID: 11932250; PMC: PMC187518
Pruitt KD, Brown GR, Hiatt SM, Thibaud-Nissen F, Astashyn A, Ermolaeva O, Farrell CM, Hart J,Landrum MJ, McGarvey KM et al.RefSeq: an update on mammalian reference sequences.Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D756-63.PMID: 24259432; PMC: PMC3965018
.