Muḥammad ʿAlī i jego następcy
W lipcu 1820 roku Muḥammad ʿAlī, wicekról Egiptu w ramach Imperium Osmańskiego, wysłał armię pod dowództwem swojego syna Ismāʿīla na podbój Sudanu. Muḥammad ʿAli był zainteresowany złotem i niewolnikami, których Sudan mógł dostarczyć i pragnął kontrolować rozległe zaplecze na południe od Egiptu. Do 1821 r. Fudżi i sułtan Darfuru poddali się, a nilotyczny Sudan od Nubii po przedgórze etiopskie i od rzeki Atbara po Darfur stał się częścią rozszerzającego się imperium Muḥammada ʿAlī.
Zbieranie podatków pod reżimem Muḥammada ʿAlī równało się wirtualnej konfiskacie złota, żywego inwentarza i niewolników, a opozycja wobec jego rządów stała się intensywna, ostatecznie wybuchając buntem i zabójstwem Ismāʿīla i jego ochroniarza. Jednak buntownikom brakowało przywództwa i koordynacji, a ich rewolta została brutalnie stłumiona. Ponura wrogość Sudańczyków spotkała się z ciągłymi represjami, aż do momentu mianowania ʿAlī Khūrshīd Āghā gubernatorem generalnym w 1826 roku. Jego administracja zapoczątkowała nową erę w stosunkach egipsko-sudańskich. Obniżył podatki i konsultował się z Sudańczykami za pośrednictwem szanowanego sudańskiego przywódcy ʿAbd al-Qādir wad al-Zayn. Udzielono listów amnestyjnych zbiegom. Wprowadzono bardziej sprawiedliwy system podatkowy, a poparcie potężnej klasy świętych mężów i szejków (wodzów plemiennych) dla administracji uzyskano poprzez zwolnienie ich z podatków. Jednak ʿAlī Khūrshīd nie zadowolił się jedynie przywróceniem Sudanu do poprzedniego stanu. Z jego inicjatywy chroniono i rozbudowywano szlaki handlowe, Chartum stał się stolicą administracyjną, wprowadzono wiele ulepszeń w rolnictwie i technice. Kiedy w 1838 roku odszedł na emeryturę do Kairu, zostawił za sobą dobrze prosperujący i zadowolony kraj.
Jego następca, Aḥmad Pasha Abū Widān, kontynuował jego politykę z nielicznymi wyjątkami i uczynił swoją główną troską wykorzenienie oficjalnej korupcji. Abū Widān bezwzględnie rozprawiał się z przestępcami lub tymi, którzy próbowali udaremnić jego plany reorganizacji podatków. Szczególnie upodobał sobie armię, która czerpała korzyści z regularnego żołdu i znośnych warunków w zamian za ponoszenie ciężaru ekspansji i konsolidacji egipskiej administracji w Kassalā i wśród Arabów Baqqārah w południowym Kordofanie. Muḥammad ʿAlī, podejrzewając Abū Widāna o nielojalność, odwołał go do Kairu jesienią 1843 roku, lecz ten zmarł w tajemniczy sposób, wielu wierzyło, że od trucizny, zanim opuścił Sudan.
Przez następne dwie dekady kraj pogrążał się w stagnacji z powodu nieefektywnego rządu w Chartumie i niezdecydowania wicekrólów w Kairze. Jeśli następcy Abū Widāna posiadali talent administracyjny, rzadko byli w stanie go zademonstrować. Żaden z generalnych gubernatorów nie sprawował urzędu wystarczająco długo, by wprowadzić własne plany, nie mówiąc już o kontynuacji planów poprzednika. Nowe plany nigdy nie były rozpoczynane, a starym projektom pozwalano marnieć. Bez kierownictwa armia i biurokracja stały się zdemoralizowane i obojętne, a Sudańczycy stali się niezadowoleni z rządu. W 1856 roku wicekról Saʿīd Pasha odwiedził Sudan i zszokowany tym, co zobaczył, rozważał całkowite opuszczenie go. Zamiast tego zlikwidował urząd gubernatora generalnego i kazał każdej sudańskiej prowincji podlegać bezpośrednio władzy wicegubernatora w Kairze. Taki stan rzeczy utrzymywał się aż do śmierci Saʿīda w 1863 roku.
Podczas tych spokojnych dekad rozpoczęły się jednak dwa złowieszcze wydarzenia, które zwiastowały przyszłe problemy. Reagując na naciski mocarstw zachodnich, zwłaszcza Wielkiej Brytanii, gubernator generalny Sudanu otrzymał rozkaz powstrzymania handlu niewolnikami. Jednak nawet sam wicekról nie był w stanie pokonać ustalonych zwyczajów za pomocą pociągnięcia piórem i postawienia kilku posterunków policji. Jeśli ograniczenie handlu niewolnikami wywołało opór wśród Sudańczyków, to mianowanie chrześcijańskich urzędników do administracji i ekspansja europejskiej społeczności chrześcijańskiej w Sudanie wywołała otwartą niechęć. Europejscy kupcy, głównie pochodzenia śródziemnomorskiego, byli albo ignorowani, albo tolerowani przez Sudańczyków i ograniczali swoje kontakty do rodaków w obrębie własnej społeczności oraz do urzędników turko-egipskich, których maniery i ubiór często przyjmowali. Stali się potężną i wpływową grupą, której trwałym wkładem w rozwój Sudanu było objęcie przewodnictwa w otwarciu Białego Nilu i południowego Sudanu dla żeglugi i handlu po tym, jak Muḥammad ʿAlī zniósł państwowe monopole handlowe w Sudanie w 1838 r. pod naciskiem europejskich mocarstw.
.