Muḥammad ʿAlī e os seus sucessores
Em Julho de 1820 Muḥammad ʿAlī, vice-rei do Egipto sob o Império Otomano, enviou um exército sob o seu filho Ismāʿīl para conquistar o Sudão. Muḥammad ʿAli estava interessado no ouro e nos escravos que o Sudão podia fornecer e desejava controlar o vasto hinterland ao sul do Egipto. Em 1821 o Funj e o sultão de Darfur tinham se rendido, e o Sudão nilótico de Núbia aos pés da Etiópia e do rio Atbara a Darfur tornou-se parte do império em expansão de Muḥammad ʿAlī.
A cobrança de impostos sob o regime de Muḥammad ʿAlī equivaleu ao confisco virtual de ouro, gado e escravos, e a oposição ao seu governo tornou-se intensa, acabando por irromper em rebelião e o assassinato de Ismāʿīl e do seu guarda-costas. Mas faltava liderança e coordenação aos rebeldes, e a sua revolta foi brutalmente reprimida. Uma hostilidade amargurada nos sudaneses foi enfrentada pela repressão contínua até a nomeação de ʿAlī Khūrshīd Āghā como governador-geral em 1826. Sua administração marcou uma nova era nas relações egípcio-sudanesas. Ele reduziu os impostos e consultou os sudaneses através do respeitado líder sudanês ʿAbd al-Qādir wad al-Zayn. Cartas de amnistia foram concedidas aos fugitivos. Foi implementado um sistema de tributação mais equitativo, e o apoio da poderosa classe de homens santos e xeques (chefes tribais) à administração foi obtido isentando-os de impostos. Mas ʿAlī Khūrshīd não se limitou a restaurar o Sudão à sua condição anterior. Sob sua iniciativa, as rotas comerciais foram protegidas e expandidas, Cartum foi desenvolvido como capital administrativa, e uma série de melhorias agrícolas e técnicas foram empreendidas. Quando se retirou para o Cairo em 1838, deixou um país próspero e contente.
Seu sucessor, Aḥmad Pasha Abū Widān, continuou suas políticas com poucas exceções e fez da sua principal preocupação erradicar a corrupção oficial. Abū Widān lidou impiedosamente com infratores ou com aqueles que procuravam frustrar seus esquemas para reorganizar a tributação. Ele gostava particularmente do exército, que colheu os benefícios do salário regular e de condições toleráveis em troca de suportar o peso da expansão e consolidação da administração egípcia em Kassalā e entre os Baqqārah árabes do sul de Kordofan. Muḥammad ʿAlī, suspeitando Abū Widān de deslealdade, lembrou-o no Cairo no Outono de 1843, mas morreu misteriosamente, muitos acreditavam em veneno, antes de deixar o Sudão.
Durante as duas décadas seguintes o país estagnou devido a um governo ineficaz em Cartum e à vacilação dos vice-reis no Cairo. Se os sucessores do Abū Widān possuíam talento administrativo, raramente conseguiam demonstrá-lo. Nenhum governador-geral ocupou um cargo por tempo suficiente para apresentar os seus próprios planos, quanto mais para prosseguir com os do seu antecessor. Novos esquemas nunca foram iniciados, e os projetos antigos foram deixados definhar. Sem direção o exército e a burocracia ficaram desmoralizados e indiferentes, enquanto os sudaneses ficaram insatisfeitos com o governo. Em 1856 o vice-rei Saʿīd Pasha visitou o Sudão e, chocado com o que viu, contemplou abandoná-lo por completo. Em vez disso, aboliu o cargo de governador-geral e pediu a cada província sudanesa que se apresentasse directamente à autoridade vice-jurídica no Cairo. Este estado de coisas persistiu até à morte de Saʿīd em 1863.
Durante estas décadas de quiescência, porém, começaram dois acontecimentos sinistros que pressagiaram problemas futuros. Reagindo à pressão das potências ocidentais, particularmente da Grã-Bretanha, o governador-geral do Sudão foi ordenado a interromper o comércio de escravos. Mas nem mesmo o próprio vice-rei conseguiu superar o costume estabelecido com o golpe de uma caneta e a ereção de alguns postos policiais. Se a restrição do comércio de escravos precipitou a resistência entre os sudaneses, a nomeação de funcionários cristãos para a administração e a expansão da comunidade cristã europeia no Sudão provocou um ressentimento aberto. Os comerciantes europeus, na sua maioria de origem mediterrânica, foram ignorados ou tolerados pelos sudaneses e confinaram os seus contactos aos compatriotas da sua própria comunidade e aos funcionários turco-egípcios, cujos modos e trajes adoptaram frequentemente. Tornaram-se um grupo poderoso e influente, cuja contribuição duradoura para o Sudão foi a de assumir a liderança na abertura do Nilo Branco e do Sul do Sudão à navegação e ao comércio, depois de Muḥammad ʿAlī ter abolido os monopólios comerciais do Estado no Sudão em 1838, sob pressão das potências europeias.