O silêncio aprendido da vida do jovem poeta foi quebrado pela Guerra Civil; ele abraçou calorosamente o lado realista. Ele se tornou um colega do Trinity College, Cambridge, mas foi expulso pelos Parlamentares em 1643. Ele seguiu para Oxford, onde desfrutou da amizade do Lorde Falkland, e foi atirado, no tumulto dos assuntos, para a confiança pessoal da própria família real.
Após a batalha de Marston Moor ele seguiu a rainha até Paris, e o exílio assim iniciado durou doze anos. Este período foi passado quase inteiramente no serviço real, “suportando uma parte nas angústias da família real, ou trabalhando em seus assuntos. Para isso, ele realizou várias viagens perigosas a Jersey, Escócia, Flandres, Holanda, ou onde quer que os problemas do rei exigissem a sua presença. Mas o principal testemunho de sua fidelidade foi o laborioso serviço que ele prestou para manter a constante correspondência entre o falecido rei e a rainha sua esposa. Naquela pesada confiança ele se comportou com incansável integridade e insuspeito sigilo; pois ele cifrou e decifrou com sua própria mão a maior parte de todas as cartas que passavam entre suas majestades, e conseguiu uma vasta inteligência em muitas outras partes, que durante alguns anos juntos ocuparam todos os seus dias, e duas ou três noites por semana”
Apesar desses trabalhos ele não se absteve da indústria literária. Durante seu exílio, ele se encontrou com as obras de Pindar, e determinou-se a reproduzir a sua elevada paixão lírica em inglês. No entanto, Cowley entendeu mal a prática métrica de Pindar e, portanto, sua reprodução da forma do Hino Pindar em inglês não reflete com precisão a poética de Pindar. Mas apesar deste problema, o uso de linhas iâmbicas de comprimento irregular, padrão e esquema de rimas por Cowley foi muito influente e ainda é conhecido como o “Pindarick” Ode em inglês, ou Hino Irregular. Uma das mais famosas odes escritas depois de Cowley na tradição Pindaric é a “Ode” de Wordsworth: Intimations of Immortality”.
Durante esta mesma época, Cowley ocupou-se em escrever uma história da Guerra Civil (que não foi publicada na íntegra até 1973). No prefácio dos seus Poemas de 1656, Cowley mencionou que tinha concluído três livros de um poema épico sobre a Guerra Civil, mas que o tinha deixado inacabado após a Primeira Batalha de Newbury, quando a causa realista começou a perder terreno significativo. No prefácio, Cowley indicou que tinha destruído todas as cópias do poema, mas esta não era precisamente a verdade. Em 1697, doze anos após a morte de Cowley, foi publicada uma versão abreviada do primeiro livro do poema, intitulado Um Poema sobre a Guerra Civil Final. Assumiu-se que o resto do poema tinha de facto sido destruído ou perdido até meados do século XX, quando o erudito Allan Pritchard descobriu a primeira de duas cópias manuscritas do poema inteiro entre os documentos da família Cowper. Assim, os três livros completos do grande (embora inacabado) épico inglês de Cowley, The Civill Warre (de outra forma escrito “A Guerra Civil”), foi finalmente publicado na íntegra pela primeira vez em 1973.
Em 1647 uma coleção de seus versos de amor, intitulada A Senhora, foi publicada, e no ano seguinte um volume de sátiras miseráveis, The Four Ages of England, foi trazido à tona com o seu nome, com a composição da qual ele nada tinha a ver. Apesar dos problemas da época, tão fatais para a fama poética, sua reputação aumentou constantemente, e quando, ao retornar à Inglaterra em 1656, publicou um volume de suas obras poéticas coletadas, viu-se sem rival na estima pública. Este volume incluía as obras posteriores já mencionadas, a Pindarique Odes, os Davideis, a Senhora e alguns Miscelâneos. Entre estas últimas encontram-se as peças mais vitais de Cowley. Esta seção de suas obras abre com a famosa aspiração:
“O que devo fazer para ser eternamente conhecido, e fazer minha a próxima idade”.
Contém elegias sobre Wotton, Vandyck, Falkland, William Hervey e Crashaw, estando os dois últimos entre os melhores poemas de Cowley, brilhantes, sonoros e originais; a divertida balada de The Chronicle, dando um catálogo fictício dos seus supostos amores; várias peças gnómicas; e algumas encantadoras paráfrases de Anacreon. As Odes Pindariques contêm pesadas Linhas e passagens, enterradas em massas irregulares e inharmoniosas de verborreia moral. Não mais do que uma ou duas são boas em toda a sua extensão, mas uma poses cheia de belezas pode ser facilmente eliminada delas. As longas cadências das Alexandrinas, com as quais a maioria dos estrofes se fecham, continuaram a ecoar na poesia inglesa desde Dryden até Gray, mas as próprias Odes, consideradas obscuras pelos contemporâneos do poeta, caíram imediatamente em desrespeito. Deve-se notar também que a edição de 1656 inclui a notória passagem em que Cowley abjura sua lealdade à coroa: “No entanto, quando o acontecimento da batalha, e a vontade irresponsável de Deus determinou a controvérsia, e que nos submetemos às condições do Conquistador, devemos depor as nossas Canetas, assim como as Armas, devemos marchar para fora da própria Causa, e desmantelar isso, assim como as nossas próprias Cidades e Castelos, de todas as Obras e Fortificações como Testemunha e Razão pela qual a defendemos”. Não devemos ter certeza, para começarmos a reavivar a lembrança daqueles tempos, e ações pelas quais recebemos uma Amnistia Geral, como um favor do Vitor. A verdade é que nem nós, nem eles devemos, pela Representação de Lugares e Imagens, fazer uma espécie de Memória Artificial dessas coisas, em que somos obrigados a desejar como Teístocles, a Arte do Esquecimento”
A Senhora era a leitura poética mais popular da época, e é agora a menos lida de todas as obras de Cowley. Foi a última e mais violenta expressão da afeição amadora do século XVII, uma afeição que tinha sido suportável em Donne e outros primeiros escritores porque tinha sido o veículo de uma emoção sincera, mas era insuportável em Cowley porque nele não representava mais que um exercício perfunctório, uma mera exposição de calistenia literária. Ele parece ter sido de uma disposição fria, ou pelo menos tímida; diante desses volumes elaboradamente eróticos, nos é dito que até o final de seus dias ele nunca invocou coragem para falar de amor a uma única mulher na vida real. Diz-se que a “Leonora” de A Crônica foi a única mulher que ele amou, e que casou com o irmão de sua biógrafa, Sprat.