Os Acariformes podem ser divididos em dois clades principais – Sarcoptiformes e Trombidiformes. Além disso, um grupo parafilético contendo formas primitivas, os Endeostigmas, também era considerado distinto anteriormente. Este último é composto por apenas 10 famílias de ácaros pouco estudados, minúsculos e de corpo mole que ingerem alimentos sólidos, como fungos, algas e invertebrados de corpo mole, como nematódeos, rotíferos e tardigrades. Esses clades eram anteriormente considerados subordens, mas isso não permite uma classificação suficientemente precisa dos ácaros e é abolido em tratamentos mais modernos; os Endeostigmas são diversamente considerados para formar uma subordem por si só (a antiga visão) ou são incluídos principalmente nos Sarcoptiformes, tornando assim ambos os grupos monofiléticos.
Outro grupo frequentemente mencionado é o Actinedida, mas em tratamentos como o actual, este é dividido entre os Sarcoptiformes (e anteriormente os Endeostigmata separados) e os Trombidiformes (que contém a maior parte dos “Actinedida”), porque parece ser um “táxon de lixo” maciçamente parafilético, unindo todos os Acariformes que não são “típicos” Oribatida e Astigmatina. Os Trombidiformes apresentam os seus próprios problemas. O pequeno grupo Sphaerolichida parece ser a linhagem mais antiga entre eles. No entanto, os Prostigmas estão divididos em Anystina, Eleutherengona e Eupodina. A delimitação e as inter-relações destes grupos são totalmente obscuras; enquanto a maioria das análises encontra uma destas duas últimas, mas não a outra como sendo um subgrupo da Anystina; nenhuma destas hipóteses mutuamente contraditórias é muito robusta; possivelmente este é um erro simples porque o software filogenético geralmente falha no manuseio de filogenias não dicotômicas. Consequentemente, pode ser melhor por enquanto considerar cada uma das três principais linhagens de prostigmatães como igualmente distintas das outras duas.