Bem-vindos!
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Garrett M. Morris David S. Goodsell Ruth Huey William Lindstrom William E. Hart Scott Kurowski Scott Halliday Rik Belew Arthur J. Olson |
O que é o AutoDock?
O AutoDock é um conjunto de ferramentas de encaixe automático. Foi concebido para prever como pequenas moléculas, tais como substratos ou candidatos a drogas, se ligam a um receptor de estrutura 3D conhecida.
As distribuições actuais do AutoDock consistem em duas gerações de software: AutoDock 4 e AutoDock Vina.
AutoDock 4 na verdade consiste em dois programas principais: o autodock realiza a acoplagem do ligando a um conjunto de grelhas descrevendo a proteína alvo; o autogrid pré-calcula estas grelhas.
Além de as utilizar para acoplar, as grelhas de afinidade atómica podem ser visualizadas. Isto pode ajudar, por exemplo, a orientar os químicos sintéticos orgânicos a desenharem melhor os ligantes.
AutoDock Vina não requer a escolha dos tipos de átomos e o pré-cálculo de mapas de grelha para eles. Em vez disso, calcula as grelhas internamente, para os tipos de átomos que são necessários, e fá-lo virtualmente instantaneamente.
Também desenvolvemos uma interface gráfica de utilizador chamada AutoDockTools, ou ADT para abreviar, que entre outras coisas ajuda a configurar quais os ligantes que serão tratados como rotativos no ligante e a analisar as docas.
AutoDock tem aplicações em:
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AutoDock 4 é gratuito e está disponível sob a Licença Pública Geral GNU. O AutoDock Vina está disponível sob a licença Apache, permitindo o uso comercial e não-comercial e a redistribuição. Clique na aba “Downloads”. E Happy Docking!
O que é o AutoDock Vina?
AutoDock Vina é uma nova geração de software de docking do Molecular Graphics Lab. Atinge melhorias significativas na precisão média das previsões do modo de vinculação, sendo também até duas ordens de magnitude mais rápidas do que a AutoDock 4.1
Porque as funções de pontuação utilizadas pela AutoDock 4 e pela AutoDock Vina são diferentes e inexactas, em qualquer problema, qualquer um dos programas pode fornecer um resultado melhor.
Informação detalhada pode ser encontrada no site da AutoDock Vina.
O que há de novo?
1 de Junho de 2009
AutoDock 4.2 é mais rápido do que as versões anteriores, e permite que os sidechains na macromolécula sejam flexíveis. Como antes, o acoplamento rígido é cegamente rápido, e o acoplamento flexível de alta qualidade pode ser feito em cerca de um minuto. Até 40.000 acoplamentos rígidos podem ser feitos num dia numa cpu.
AutoDock 4.2 tem agora uma função de pontuação de energia livre que se baseia numa análise de regressão linear, o campo de força AMBER e um conjunto ainda maior de diversos complexos proteína-ligand com constantes de inibição conhecidas do que as utilizadas no AutoDock 3.0. O melhor modelo foi validado cruzadamente com um conjunto separado de complexos proteásicos HIV-1, e confirmou que o erro padrão é de cerca de 2,5 kcal/mol. Isto é suficiente para discriminar entre condutores com constantes de inibição mili, micro e nano-molares.
Pode ler mais sobre as novas funcionalidades no AutoDock 4.2 e como utilizá-las no AutoDock4.2 Guia do Utilizador.
AutoDock 4 é Software Livre
7 de Maio de 2007
A introdução do AutoDock 4 compreende três grandes melhorias:
- Os resultados da docagem são mais precisos e fiáveis.
- Pode opcionalmente modelar flexibilidade na macromolécula alvo.
- Permite a utilização da AutoDock na avaliação das interacções proteína-proteína.
AutoDock 4.0 não só é mais rápido do que as versões anteriores, como também permite que as cadeias laterais na macromolécula sejam flexíveis. Como antes, o acoplamento rígido é cegamente rápido, e o acoplamento flexível de alta qualidade pode ser feito em cerca de um minuto. Até 40.000 acoplamentos rígidos podem ser feitos num dia numa cpu.
AutoDock 4.0 tem agora uma função de pontuação de energia livre que se baseia numa análise de regressão linear, o campo de força AMBER e um conjunto ainda maior de diversos complexos proteína-ligand com constantes inibidoras conhecidas do que as que utilizámos no AutoDock 3.0. O melhor modelo foi validado cruzadamente com um conjunto separado de complexos proteásicos HIV-1, e confirmou que o erro padrão é de cerca de 2,5 kcal/mol. Isto é suficiente para discriminar entre condutores com constantes de inibição mili, micro e nano-molar.
Pode ler mais detalhes sobre as novas funcionalidades no Guia do Utilizador do AutoDock4.2.
AutoDock 4.0 pode ser compilado para obter avanços de novos métodos de pesquisa a partir da biblioteca de optimização, ACRO, desenvolvida por William E. Hart no Sandia National Labs. Nós também adicionamos algumas novas funcionalidades aos nossos métodos evolutivos existentes. Nós ainda fornecemos o método de recozimento simulado Monte Carlo (SA) de 2.4 e anteriores. O Algoritmo Genético Lamarckiano (LGA) é uma grande melhoria no Algoritmo Genético, e ambos os métodos genéticos são muito mais eficientes e robustos que o SA.
Mailing List and Forum
Estabelecemos uma mailing list e um fórum para os utilizadores do AutoDock. Aqui está mais informação sobre a Lista AutoDock (ADL). A URL para o fórum é http://mgl.scripps.edu/forum.
O que é o AutoDockTools (ADT)?
Desenvolvemos e continuamos a melhorar o nosso front-end gráfico para AutoDock e AutoGrid, ADT (AutoDockTools). Funciona em Linux, Mac OS X, SGI IRIX e Microsoft Windows. Também temos novos tutoriais, juntamente com os ficheiros de amostra que o acompanham.
Onde é Utilizado o AutoDock?
O AutoDock já foi distribuído a mais de 29000 utilizadores em todo o mundo. Está a ser utilizado em ambientes académicos, governamentais, sem fins lucrativos e comerciais. Em Janeiro de 2011, uma pesquisa no ISI Citation Index mostrou mais de 2700 publicações que citaram os principais artigos sobre métodos AutoDock.
AutoDock está agora distribuído sob a licença de código aberto GPL e está disponível gratuitamente para todos os utilizadores. Devido às restrições de incorporar software licenciado GPL em outros códigos para fins de redistribuição, algumas empresas podem desejar licenciar a AutoDock sob um contrato de licença separado – que podemos arranjar. Por favor contacte o Prof. Arthur J. Olson através do número + 1 (858) 784-2526 para mais informações.
Porquê usar o AutoDock?
O AutoDock tem sido amplamente utilizado e existem muitos exemplos da sua aplicação bem sucedida na literatura (ver Referências); em 2006, o AutoDock foi o software de ancoragem mais citado. É muito rápido, fornece previsões de alta qualidade de conformações ligandas, e boas correlações entre constantes de inibição previstas e constantes experimentais. A AutoDock também demonstrou ser útil em docking cego, onde a localização do local de encadernação não é conhecida. Além disso, o AutoDock é software livre e a versão 4 é distribuída sob a Licença Pública Geral GNU; também é fácil de obter.
Runir o seu Projecto de Pesquisa AutoDock na Grelha da Comunidade Mundial!
A sua pesquisa é executada no AutoDock? Se sim, poderá ser elegível para beneficiar do poder computacional gratuito do World Community Grid para acelerar a sua pesquisa. A AutoDock já foi “activada” pela equipa técnica da World Community Grid e é executada na World Community Grid com os seguintes projectos:
- Projecto FightAIDS@Home do The Scripps Research Institute.
- Projeto Discover Dengue Drugs – Together do The University of Texas Medical Branch.
- Ajuda no combate ao câncer infantil
> - Pesquisa de Drogas Antivirais Influenza
- GO Fight Against Malaria
Please review World Community Grid’s research project criteria and contact World Community Grid if you have an idea for a project proposal or any questions.