Infecção, doença, medicamentos ou alimentos podem todos afectar temporariamente a cor da urina. Por exemplo, urina turva ou leitosa normalmente acompanhada de mau cheiro indica possivelmente infecção do tracto urinário, descarga excessiva de cristais, gordura, glóbulos brancos, glóbulos vermelhos ou muco.
Urina escura que parece castanha mas clara pode ser um sinal de aviso de uma doença hepática grave como hepatite ou cirrose. No qual, um excesso de bilirrubina sendo descarregada pela urina.
No caso da urina parecer rosa, vermelha ou marrom claro é geralmente causada por beterraba, amoras, certos corantes alimentares, anemia hemolítica, comprometimento renal, infecção do trato urinário, medicação, porfíria, sangramento intra-abdominal, sangramento vaginal, neoplasia localizada em ambas as vias vesicais ou rins.
Se a urina parece amarelo-escuro ou similar à cor laranja, os fatores causadores podem ser os usos recentes de suplemento nutricional contendo vitamina B, caroteno, fenazopiridina, rifampicina, warfarina e laxante.
As causas ou fatores que contribuem para a mudança da cor da urina para verde ou azul são aquelas cores artificiais vistas em alimentos e medicamentos, ou medicamentos de bilirrubina como azul de metileno, e infecções do trato urinário.