A iniciação abortiva é um processo normal de transcrição e ocorre tanto in vitro como in vivo. Após cada etapa de adição de nucleotídeos na transcrição inicial, a RNA polimerase, estocasticamente, pode prosseguir no caminho em direção à fuga do promotor (iniciação produtiva) ou pode liberar o produto RNA e retornar ao complexo aberto de polimerase-promotores de RNA (iniciação abortiva). Durante esta fase inicial de transcrição, a RNA polimerase entra numa fase durante a qual a dissociação do complexo de transcrição compete energeticamente com o processo de alongamento. O ciclo abortivo não é causado pela forte ligação entre o complexo de iniciação e o promotor.
Extratoração de DNAEditar
Durante muitos anos, o mecanismo pelo qual a RNA polimerase se move ao longo da cadeia de DNA durante a iniciação abortiva permaneceu elusivo. Tinha sido observado que a RNA polimerase não escapava do promotor durante a iniciação da transcrição, de modo que se desconhecia como a enzima podia ler a fita de DNA para transcrevê-la sem se mover para jusante. Na última década, estudos revelaram que a iniciação abortada envolve a raspagem do DNA, na qual a RNA polimerase permanece estacionária enquanto ela desenrola e puxa o DNA para jusante no complexo de transcrição para passar os nucleotídeos através do local ativo da polimerase, transcrevendo assim o DNA sem se mover. Isto faz com que o DNA desenrolado se acumule dentro da enzima, daí o nome ADN “crocante”. Na iniciação abortada, a RNA polimerase rebobina e ejeta a porção downstream do DNA desenrolado, liberando o RNA e revertendo para o complexo aberto de polimerase-promotores de RNA; em contraste, na iniciação produtiva, a RNA polimerase rebobina e ejeta a porção upstream do DNA desenrolado, quebrando as interações polimerase-promotores de RNA, escapando do promotor e formando um complexo de alongamento de transcrição.
Um trabalho de 2006 que demonstrou o envolvimento da crocação do DNA na transcrição inicial propôs a idéia de que o estresse incorrido durante a crocação do DNA fornece a força motriz tanto para a iniciação abortiva quanto para a iniciação produtiva. Um artigo de acompanhamento publicado no mesmo ano confirmou que a crocância de DNA detectável ocorre em 80% dos ciclos de transcrição, e é na verdade estimada em 100%, dada a limitação da capacidade de detectar a crocância rápida (20% dos arranhões têm duração inferior a 1 segundo).
Um artigo de 2016 mostrou que a crocância de DNA também ocorre antes da síntese de RNA durante a seleção do local de início da transcrição.