Conteúdo de açúcar e ácidos orgânicos são factores importantes para o sabor do tomate e são importantes traços de reprodução. Aqui fornecemos um protocolo melhorado para a quantificação precisa dos principais açúcares, glucose e frutose, e dos ácidos orgânicos, ácido cítrico e ácido málico, presentes no tomate. O extracto de tomate é enriquecido com lactose e ácido tricarbalicílico como padrões internos e carregado numa coluna de extracção de fase sólida (SPE) NH2. Os açúcares aparecem no fluxo e são posteriormente analisados por HPLC utilizando uma coluna Nucleodur NH2 e um detector de índice de refracção. Os ácidos orgânicos ligam-se à coluna SPE e são eluídos com ácido fosfórico 400?mM. Para análise, os ácidos orgânicos são separados por HPLC usando uma coluna Nucleodur C18ec e detectados por absorção UV a 210?nm. O método mostra excelente reprodutibilidade entre dias e intra-dia para glicose, frutose e ácido cítrico com desvios padrão de 1-5%. A quantificação do ácido cítrico por HPLC e GC-MS mostrou perfeita concordância com um desvio inferior a 3%.