Comparados com outros formatos de anticorpos como IgGs, fragmentos Fab ou scFvs, os domínios VHH têm muitas propriedades e vantagens únicas.
Primeiro, com apenas três loops CDR e uma tendência para sequências CDR3 longas, os VHHs cobrem um espaço epitope diferente, mas sobreposto, quando comparados aos IgGs convencionais. Em geral, parece haver uma tendência a ligar-se a epitopos conformacionais nativos e descontínuos em vez de epitopos peptídeos lineares. As exceções são os anti-Spot-Tag VHH e anti-Myc VHH, da ChromoTek, que reconhecem pequenas tags de peptídeos lineares, respectivamente.
VHHs podem ser produzidos em uma variedade de diferentes sistemas de expressão, variando de bactérias via levedura a células de mamíferos. Assim como os IgGs convencionais, eles podem ser rotulados com uma variedade de corantes (fluorescentes), biotina ou outras pequenas moléculas. Além disso, elas podem ser covalentemente fixadas em superfícies, tais como contas de agarose ou outras matrizes. Além disso, é possível a fixação de rótulos estequiométricos e de funcionalização dirigida ao local.
Due ao seu tamanho pequeno (aprox. 12-15 kDa) e estrutura de cadeia única, os VHHs são adequados para aplicações para as quais o tamanho grande de quatro IgGs de cadeia peptídeo convencionais (150 kDa) é desvantajoso, tais como microscopia de super-resolução, penetração tecidual ou técnicas baseadas em FRET- e ECL.
Importante, os domínios VHH são perfeitamente adequados para gerar formatos de anticorpos bisespecíficos, seja por fusão genética ou conjugação com outros anticorpos recombinantes. Mais uma vez, o seu pequeno tamanho, alta estabilidade e boa capacidade de expressão é vantajoso para a geração de moléculas bi- ou mesmo multiespecíficas.
Outras vezes, e em contraste com os IgGs completos, certos VHHs podem ser geneticamente expressos intracelularmente e ligar-se às suas respectivas proteínas alvo intracelulares. Quando fundidos a proteínas fluorescentes como GFP ou RFP, estes sdAbs podem ser usados para visualização intracelular das estruturas endógenas do alvo in vivo. ChromoTek oferece uma variedade de fusões VHH-FP, chamadas de cromoborpos, por exemplo, para visualização in vivo de actina, PCNA, a lâmina nuclear e outras estruturas citoesqueléticas ou nucleares.