Descrição
A faixa RefSeq Genes mostra genes conhecidos de codificação da proteína do rato e genes não-codificadores de proteínas retirados da NCBI RNA reference sequencescollection (RefSeq). Os dados subjacentes a esta faixa são atualizados semanalmente.
Por favor, visite a página Feedback para sugestões de seqüências de genes e referências (RefSeq), envie adições e correções, ou peça ajuda em relação aos registrosRefSeq.
Para mais informações sobre as diferentes faixas de genes, veja a nossa FAQ Genes.
Convenções de exibição e configuração
Esta faixa segue as convenções de exibição de faixas de predição perdoadas.O sombreamento de cores indica o nível de revisão do registro RefSeq temundergone: previsto (claro), provisório (médio), revisto (escuro).
As etiquetas de itens e cores de exibição das características dentro desta faixa podem ser configuradas através dos controles na parte superior da página de descrição da faixa.
- Rótulo: Por padrão, os itens são etiquetados pelo nome do gene. Clique na opção Label apropriada para exibir o nome de acesso em vez do nome do gene, mostrar tanto o gene quanto os nomes de acesso, ou desligar o rótulo completamente.
- Coloração do codon: Esta faixa contém um recurso opcional de coloração de códão que permite aos usuários validar e comparar rapidamente as previsões genéticas. Para exibir as cores do códão, selecione a opção de códões genômicos no menu suspenso “Puxar Códão por Códão”. Para mais informações sobre este recurso, vá para a página Previsões e Anotações de Gene por Códão.
- Ocultar genes não-codificadores: Por padrão, ambos os genes codificadores de proteínas e não codificadores de proteínas são exibidos. Se você deseja ver apenas os codinggenes, clique nesta caixa.
Métodos
RefSeq RNAs foram alinhados contra o genoma do mouse usando BLAT. Estes, com um alinhamento inferior a 15% foram descartados. Quando um único RNAalinhado em vários lugares, o alinhamento com a maior identidade base foi identificado. Somente alinhamentos com um nível de identidade base dentro de 0,1% do melhor e pelo menos 96% da identidade base com a sequência genômica foram mantidos.
Credits
Esta faixa foi produzida na UCSC a partir de dados de sequência de RNA gerados por cientistas de todo o mundo e curados pelo projeto NCBIRefSeq.
Kent WJ.BLAT – a ferramenta de alinhamento do tipo BLAST.Genome Res. 2002 Apr;12(4):656-64.PMID: 11932250; PMC: PMC187518
Pruitt KD, Brown GR, Hiatt SM, Thibaud-Nissen F, Astashyn A, Ermolaeva O, Farrell CM, Hart J,Landrum MJ, McGarvey KM et al.RefSeq: uma atualização sobre sequências de referência de mamíferos.Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D756-63.PMID: 24259432; PMC: PMC3965018