Apresenta-se uma visão geral das mudanças na expressão gênica ao longo de uma curva de tempo através dos primeiros 20 min após a acidificação para pH 4,5 de culturas exponencialmente crescentes da cepa patogênica alimentar Staphylococcus aureus 50583. Um método recentemente desenvolvido para testes de significância estatística foi utilizado para detectar respostas significativas da expressão genética. A maioria das respostas mostrou um aumento ou diminuição do tempo zero para 10 min após a acidificação, e então geralmente uma estabilização no nível de expressão de 10 a 20 min. O aumento da atividade da urease pareceu ser um fator importante na defesa ácida, juntamente com a excreção de prótons pelos mecanismos de reparação da desidrogenase e da macromolécula NADH. Também foram induzidas respostas de estresse oxidativo, como o aumento da expressão dos genes da tioredoxina e a upregulação dos genes da via do fosfato pentose para gerar mais energia redutora. Uma redução geral na expressão dos genes que codificam as proteínas ribossômicas e os genes envolvidos na síntese de nucleotídeos, assim como o metabolismo de ácidos graxos e lipoproteínas, refletiu a diminuição da taxa de crescimento após a acidificação. O choque de pH não parecia desencadear respostas de virulência ou formação de biofilme importantes. A regulação e transporte de íons metálicos foram afetados pelo choque ácido, e a produção de vários cofatores, como a molibdopterina, foi aumentada. Muitas das observações apresentadas poderiam ser explicadas, enquanto algumas representam mecanismos ainda desconhecidos. Os padrões de regulação foram confirmados pela transcriptase quantitativa reversa PCR (QRT-PCR). Juntos, estes resultados mostraram as principais respostas de S. aureus e serão um bom ponto de partida para estudos futuros, mais específicos e aprofundados de respostas genéticas específicas que ocorrem em conjunto com a defesa ácido-estresse de S. aureus.