Kuvaus
RefSeq Geenit -kappale näyttää tunnetut hiiren proteiineja koodaavat ja ei-proteiineja koodaavat geenit, jotka on poimittu NCBI:n RNA:n referenssisekvenssikokoelmasta (RefSeq). Tämän raidan perustana olevat tiedot päivitetään viikoittain.
Käy palautetta geeni- ja referenssisekvensseistä (RefSeq) -sivulla tekemässä ehdotuksia, lähettämässä lisäyksiä ja korjauksia tai pyytämässä apua RefSeq-tietueisiin liittyen.
Lisätietoa eri geeniraidoista saat Genes FAQ:sta.
Näyttöön liittyvät yleissopimukset ja konfigurointi
Tässä raidassa noudatetaan gene-prediktioraitojen näyttöön liittyviä yleissopimuksia.Värivarjostus ilmaisee RefSeq-tietueen tarkistuksen tason: predicted (vaalea), provisional (keskikorkea), reviewed (tumma).
Tässä raidassa olevien ominaisuuksien kohteiden merkinnät ja näyttövärit voidaan konfiguroida raidan kuvaussivun yläosassa olevien säätimien avulla.
- Label: Oletusarvoisesti kohteet merkitään geenin nimen mukaan. Napsauta sopivaa Label-vaihtoehtoa näyttääksesi liittymän nimen geenin nimen sijasta, näyttääksesi sekä geenin että liittymän nimen tai kytkeäksesi labelin kokonaan pois päältä.
- Codon coloring: Tämä rata sisältää valinnaisen koodonien väritysominaisuuden, jonka avulla käyttäjät voivat nopeasti validoida ja vertailla geeniennusteita.Jos haluat näyttää koodonien värit, valitse genomic codons (genomikoodonit) -vaihtoehtoColor track by codons (Väritä rata koodoneiden mukaan) -pudotusvalikosta. Lisätietoja tästä ominaisuudesta on sivullaColoring Gene Predictions and Annotations by Codon page (Geeniennusteiden ja merkintöjen värittäminen koodoneittain).
- Piilota ei-koodaavat geenit: Oletusarvoisesti sekä proteiinia koodaavat että ei-proteiinia koodaavat geenit näytetään. Jos haluat nähdä vain koodaavat geenit, napsauta tätä ruutua.
Methods
RefSeq RNA:t linjattiin hiiren genomiin BLATin avulla. Ne, joiden kohdistus oli alle 15 %, hylättiin. Jos yksi RNA oli linjattu useaan paikkaan, tunnistettiin linjaus, jolla oli suurin emäsidentiteetti. Ainoastaan linjaukset, joiden emäsidentiteettitaso oli 0,1 %:n sisällä parhaasta ja vähintään 96 %:n emäsidentiteetti genomisekvenssin kanssa, säilytettiin.
Credits
Tämä kappale on tuotettu UCSC:ssä tutkijoiden tuottamasta RNA-sekvenssidatasta ympäri maailmaa, ja se on kuratoitu NCBIRefSeq-projektin toimesta.
Kent W.J. BLAT – BLASTin kaltainen linjaustyökalu.Genome Res. 2002 Apr;12(4):656-64.PMID: 11932250; PMC: PMC187518
Pruitt KD, Brown GR, Hiatt SM, Thibaud-Nissen F, Astashyn A, Ermolaeva O, Farrell CM, Hart J,Landrum MJ, McGarvey KM et al.RefSeq: an update on mammalian reference sequences.Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D756-63.PMID: 24259432; PMC: PMC3965018
.